La flota que hacía la Carrera de Indias, desde aproximadamete 1543, va protegida para impedir el pillaje y el corso por dos grandes naves de guerra o galeones armados, denominados una nave capitana y otra almiranta, además de un navío de aviso. La recopilación de las leyes de indias dicen:

"Que por cada flota que vaya a las indias y haga la carrera, nos ordenamos que en cada armada y cada flota vaya un capitán general y un almirante, y un gobernador del tercio de la infantería della, para que las puedan gobernanr , llevar y traer con beuna orden. .. las cuales han de ser naos de guerra y armada las capitanas y las almirantas acuyo amparo han de navegar las naos mercantas [...]. Ordenamos y mandamos que los navíos en que fueran el general y almirante de Armadas y flotas, navegaren por capitana y almiranta.. [...]."

El diccionario de autoridades recoge que dicho navío cuando navega o pelea ocupa el puesto de retaguardia cerrando o recogiendo toda la escuadra y para distinguirse de los otros lleva bandera de "quadra en el árbol trinquete". en dicho navío embarca y navega el almirante general de dicha escuadra.