En 1493, con la negociación de las bulas Inter Caetera, se establece el carácter misional de la expansión española; por lo que los abusos cometidos chocaban frontalmente con esta concepción conversora y adoctrinadora y por tanto no encajaban en el marco legal existente y generó una polémica sobre trato a los que llevó a la Corona a actuar en consecuencia. La Junta de Burgos de 1512 trató de definir por primera vez el papel del indio en la sociedad que se estaba formando, y trató de mejorar la situación, generando una corriente crítica abandaerada por los dominicos, con Bartolomé de las Casas y Francisco de Vitoria como principales representantes. La Real Provisión de Barcelona, del 20 de Noviembre de 1542, más conocidas como las Leyes Nuevas, prohibe la esclavitud de los indios, obliga a las instituciones a informar sobre el mal trato o el abuso cometido contra ellos y deja de conceder encomiendas.