Su construcción se inició en 1558 por D. Bernardino de Cárdenas, Duque de Maqueda y Señor de Elche, el cual realizó la obra a su cargo por un coste total de 23.000 ducados. El Castillo fué fortificado convenientemente y artillado de inmediato.

Para su guardia puso D. Bernardino un Alcaide, Alférez, Capellán y treinta soldados, ya que su objetivo principal era la defensa y protección de los marineros de Santa Pola, según rezaba una antigua lápida de mármol que aún se hallaba en el siglo XVIII colocada sobre la puerta principal del Castillo.