Arqueólogo español. Jesuita desde 1939, estudia en España Humanidades y Filosofía, obtiene la licenciatura en Teología en Roma y allí mismo licenciatura y doctorado en Historia de la Iglesia. Publica su primer libro en 1962: San Pedro en la iconografía paleocristiana. Doctor en Filosofía y Letras (rama de Historia) por la Universidad de Granada (1969). En 1973 publica Datos históricos sobre los sarcófagos romano-cristianos de España; en 1975, Sarcófagos romano-cristianos de España. Estudio iconográfico. Profesor de Historia y Arqueología cristiana en la Facultad de Teología de Granada desde 1956 hasta 1993, ha enseñado Iconografía paleocristiana en el Pontificio Instituto de Arqueología Cristiana de Roma, e Historia de la Iglesia en la Universidad “Rafael Landívar” de Guatemala. Ha dirigido diversas campañas de excavaciones arqueológicas en Granada, Almuñécar, Pinos Puente, Huéscar, Algeciras, Quesada y Andújar. Además de numerosos artículos en revistas especializadas, cabe mencionar entre sus libros los siguientes: Historia de la Iglesia en la España romana; D. Juan de Flores y Oddouz, pícaro y mártir. Cultura y picaresca en la Granada de la Ilustración; Discípulos de la Historia. Estudios sobre cristianismo…Y como coordinador y colaborador (juntamente con J. Fernández Ubiña), El Mundo Antiguo, Historia del Cristianismo I; y El concilio de Elvira y su tiempo. Es Premio Andalucía 1991 (Patrimonio histórico), consejero de honor del Instituto de Estudios Campogibraltareños, miembro numerario del Centro de Estudios Históricos de Granada y su Reino, y de la Real Academia de Bellas Artes de Granada, socio ordinario de la Societat Catalana d’Estudis Liturgics, y miembro correspondiente de la Real Academia de la Historia y del Instituto Arqueológico Alemán.

Medalla de Oro de la Ciudad de Andújar entregada el 16 de mayo de 2014.

El Museo Arqueológico de Andújar está dedicado al profesor Manuel Sotomayor Muro por ser el primer arqueólogo que excavó el yacimiento de Los Villares de Andújar desde 1999.