Institución educativa perteneciente a la orden franciscana dedicada a la formación de misioneros, ubicado en la Ciudad de México.

A partir de la creación de la Congregación de Propaganda Fide (1622) y del Capítulo General de la Orden Franciscana, celebrado en Toledo en 1633, se establecieron las bases para la fundación de colegios especiales encaminados a preparar misioneros para las evangelizaciones. A principios del siglo XVIII, todavía existía un gran territorio sin evangelizar: Sonora, el norte de Tamaulipas, parte de Nuevo México, todo Texas y la Sierra Gorda queretana, así como también las Californias (Alta y Baja).

Estos colegios fueron creados con el favor del rey que facilitó su instalación en Nueva España. Hacia 1730 los misioneros del Colegio de Propaganda Fide de Querétaro decidieron fundar un colegio en la Ciudad de México. Así, en enero de 1731, el Virrey Marqués de Casafuerte autorizó la fundación del colegio y los misioneros compraron con este fin unos terrenos sobre la calzada México-Tacuba que pertenecían al contador Agustín Oliva.

El Colegio de San Fernando de México se creó en 1734. De este lugar partirían los misioneros franciscanos a evangelizar, descalzos, el extenso y desconocido territorio del norte. Fue la casa matriz de la cual dependían numerosos grupos de misiones que trabajaron en la Sierra Gorda (1744-1770) y en la California Alta (1769-1853) y Baja (1768-1773). Concretamente, de ésta última fueron sus protagonistas fray Junípero Serra y Francisco Palou que salieron del Colegio para fundar las misiones de San Diego y San Francisco, entre otras.

A partir de 1827, en virtud del decreto gubernamental por el que se expulsaba a los españoles de México con la independencia del país, los monjes del Colegio se vieron reducidos y se fomentaron las vocaciones locales.