Hijo de Gonzalo Rodríguez de las Varillas (?-1575) y de Inés de Chaves Herrera. Fue señor de Villagonzalo, cabeza y barón de los Rodríguez de Salamanca. Adquirió la aldea de Yuso, después Villagonzalo de Tormes en 1577. Tomó posesión en 1604 del lugar de Torre y Campillo, jurisdicción de Ledesma. Fue caballero de la Orden de Alcántara. Se casó en primeras nupcias con Aldonza de Valderrábano y, en segundas nupcias, con María Magdalena Enríquez Pinelo (?-1616), con la que tuvo a Antonio Gonzalo Rodríguez de las Varillas Enríquez (1567-1614), III señor de Villagonzalo, y a María Inés Rodríguez de las Varillas Enríquez (?-1614), IV señora de Villagonzalo.