Funcionario virreinal español, corregidor, escritor y cronista del Perú. Nació en Valladolid hacia 1520.

Como indican sus biógrafos, Laura González Pujana y Teodoro Hampe, su verdadero nombre era Polo (Juan fue un añadido posterior) y su apellido Ondegardo, con el que aparece en la documentación contemporánea.

Hijo de Jerónima de Zárate (?-1556) hermana del contador y cronista Agustín de Zárate, y de Diego López de León Ondegardo (ca.1538-?) receptor de la Inquisición de Granada, ambos pertenecientes a conocidas familias vallisoletanas. El matrimonio tuvo siete hijos: el licenciado Polo de Ondegardo, el doctor Alonso de Ondegardo (catedrático de Valladolid, canónigo en la misma ciudad y en Toledo), el licenciado Lope Díaz de Zárate (canónigo doctoral en la catedral de Osma), Diego de Zárate (muerto en Indias), María de Ondegardo (casada con Andrés Venero y Leiva, gobernador y capitán general de Nueva Granada, presidente de la Audiencia de Santa Fe y miembro del Consejo de Indias), Ana de Ondegardo (casada con Bartolomé de Santoyo, guardajoyas del rey y receptor de penas de cámara) y Jerónima de Zárate (casada con Diego de Argame y Vargas, regidor de Toledo).

La familia poseía unas casas principales en la plaza mayor de Valladolid, pero Polo estudió en la Universidad de Salamanca, al menos entre 1538-1541, donde obtuvo el título de licenciado.

Pasó al Perú en la flota de 1543 que trasportó al primer virrey Blasco Núñez de Vela para hacer cumplir las Leyes Nuevas contra los abusos de los encomenderos. Formaba parte del séquito de su tío Agustín de Zarate, nombrado contador general del Perú y Tierra firme, con el que trabajó inicialmente.

Intervino al lado del bando real en la tercera guerra civil peruana (1544-1548) consiguiendo huir tras el asesinato del virrey. Colaboró después con La Gasca en sofocar y castigar la rebelión de Gonzalo Pizarro, de quien había sido inicialmente partidario. Participó en la batalla de Jaquijahuana (1548). Fue juez de residencia y corregidor en Charcas después de la victoria sobre los pizarristas, y en Cuzco entre 1558-1561. Como recompensa en su actuación a favor del castigo de los amotinados, se le concedió la mitad del repartimiento de Santiago del Paso, en el valle de Cochabamba. Obtuvo más tarde otras propiedades y repartimientos que le hicieron rico. Sobre estos acontecimientos escribió entre 1548-1550 la "Relación de las cosas acaecidas en las alteraciones del Perú después que Blasco Núñez Vela entró en el", obra utilizada por su tío Agustín de Zárate en la composición de su "Historia del descubrimiento y conquista del Perú" de 1555.

Pedro de La Gasca le comisionó para la redacción de las ordenanzas de las minas de Potosí y Porco, culminando su labor legislativa y de organización administrativa con las "Ordenanzas de las minas de Huamanga" de 1562, consideradas "el primer cuerpo orgánico en que se estructura toda la doctrina jurídica sobre la minería colonial" (Otzheldem, 1946).

En 1551 actuó en Lima como consejero del arzobispo Jerónimo de Loaysa.

Se casó en Chuquisaca hacia 1564 con Jerónima de Peñalosa, hija de Rodrigo de Contreras, gobernador de Nicaragua y de María de Peñalosa, y tuvieron seis hijos: Jerónimo de Ondegardo, Polo de Ondegardo, Lope Díaz de Zárate (jesuita), Rodrigo de Contreras, María de Peñalosa y Juan Bautista de Ondegardo.

Descubrió varias momias de los incas y estudió las creencias y ritos prehispánicos, sobre los que recabó una amplia y valiosa información que volcó en distintos escritos, siendo considerado "una de las figuras más relevantes de la etnohistoria e historiografía andinas" (Amat Olazával, 2014). Fue también el primero en estudiar de forma sistemática las instituciones y modo de vida de los indios. Aunque realizó observaciones y encuestas anteriores, gran parte de la información la recabó al acompañar al virrey Francisco Álvarez de Toledo en su visita general de 1570.

Además de los citados, es autor de otros textos relevantes, entre ellos un informe dirigido al Consejo de Indias "Sobre la perpetuidad de las encomiendas de Perú" (1561), "Relación y notable daño que resulta de no guardar a estos indios sus fueros" (1571) "Parecer sobre la guerra propuesta contra los Chiriguanes", "Los errores y supersticiones de los indios" (editado en 1585) e "Informaciones acerca de la religión y gobierno de los incas" (edición de 1896 de una carta privada).

Testó en La Plata el 18 de marzo de 1575 y murió en la misma ciudad el 4 de noviembre de ese mismo año. Fue enterrado en el colegio de la Compañía de Jesús, y sus restos trasladados después a la capilla familiar que tenían los Ondegardo en el convento de San Francisco de Valladolid, actualmente desaparecido.

La Biblioteca Nacional de España conserva manuscritos y ediciones originales de este autor.

Además del Archivo de la Real Chancillería de Valladolid, conservan documentos sobre Polo de Ondegardo y su familia el Archivo Histórico Nacional y os Archivos Generales de Indias y Simancas.

Así mismo, conservan documentos el Archivo de la Real Academia de la Historia, el Archivo Histórico Provincial de Valladolid y el Archivo Nacional de Bolivia-Sucre.