Noble genovés perteneciente a la familia de los Fiesco. Fue hijo de Sinibaldo Fiesco y María Grosso de la Rovere y hermano de Gian Luigi, Girolamo Otobono, Camila, Ángela, Catalina y Claudia. Contó, asimismo, con un medio hermano, Cornelio, fruto de la relación extramatrimonial de su padre con Clementina de Torriglia.

Tras la instauración del régimen de 1528 en la República de Génova, Francia trato de recuperar su posición de preeminencia en la zona y para ello acudió a aquellas familias genovesas que habían quedado relegadas de la primera línea de poder como los Fregoso o los Fiesco. Tras la muerte de Sinibaldo en 1532 la situación de la casa quedó en una situación comprometida, ya que todos los hijos varones eran menores de edad. En 1547 se produjo una conjura, liderada por Gian Luigi Fiesco y que tenía como objetivo el asesinato del sobrino y heredero de Andrea Doria, Gianettino Doria. Los conjurados obtuvieron el resultado deseado, aunque Gian Luigi también perdió la vida. Su hermano Girolamo pactó la inmunidad con la República, pero fue asesinado al poco tiempo. El Estado de los Fiesco fue dividido entre la república genovesa, el ducado de Parma, el emperador y Andrea Doria. Escipión Fiesco hizo varias reclamaciones para poder recuperar el solar familiar, aunque con escaso resultado.