Hijo de Alfonso I de Ferrara y de Lucrecia Borgia, estuvo destinado a la vida eclesiástica. Educado en la corte francesa, se mantuvo leal a ésta en su desempeño político. En 1517 se convirtió en Arzobispo electo de Milán y, a petición del rey Francisco I fue nombrado cardenal en 1538 por Paulo III. En 1549 fue a Roma como enviado de Francia para negociar una alianza entre este reino y el papado en contra de Carlos V. Entre 1552 y 1554 fue nombrado gobernador de Parma en nombre de Francia.

Administrador de las sedes metropolitanas de Milán (1519-1550, 1555-1556), Lyon (1539-1551, 1562-1564), Tréguier (1542-1548), Autun (1547-1548), Narbona (1550-1551), Auch (1551-1563), Arles (1562-1567)

Gobernador de la ciudad de Tivoli (1549-1560)

Gobernador del ducado de Parma, en nombre de Francia (1552 a 1554).

Regente de Ferrara (1566)

Padres: Alfonso I de Este, Lucrecia Borgia

Abuelos: Alejandro VI, Hércules I de Este, Vannozza Cattanei, Elionor de Nàpoles.

Tíos: Hipólito de Este, César Borgia, Juan de Borja y Cattanei, Jofré Borgia

Hijo menor de Alfonso I de Este y Lucrecia Borgia. Nieto del papa Alejandro VI. Sobrino del cardenal Ippolito d'Este (1493). Tío del cardenal Luis de Este (1561). Otros cardenales de la familia son Alessandro d'Este (1599); Rinaldo d'Este (1641); y Rinaldo d'Este (1686).