Hijo de Henry Courtenay, 1er Marqués de Exeter y de su segunda esposa, Gertrude Blount, hija de William Blount, 4º barón Mountjoy.

La primera década de su vida fue relativamente tranquila. Su padre era una figura prominente en la corte real y su madre disfrutó de la amistad de la reina Catalina de Aragón, incluso después de su divorcio del rey Enrique VIII.

A principios de noviembre de 1538, Edward Courtenay y sus padres fueron detenidos y encarcelados en la Torre de Londres. Su padre fue acusado de conspirar con el cardenal Reginald Pole, y ejecutado en 1539.

Su madre fue puesta en libertad en 1540 y para el resto de su vida mantuvo una amistad con María Tudor, la hija mayor de Enrique VIII y futura reina.

Como un bisnieto del rey Eduardo IV y un posible heredero de la casa de York, Edward se consideró demasiada amenaza para el Estado de la Casa de Tudor como para ser liberado.

Con la subida al trono de María Tudor en 1553, Gertrude Blount logró la liberación de su hijo Edward el 3 de agosto 1553, después de 15 años de encarcelamiento en la Torre.

Courtenay pronto se convirtió en un favorito de la reina María I, que se benefició en gran medida el joven. María I lo nombra conde de Devon y caballero de la Orden del Baño en 1553.