Hijo de Gianluigi Navagero, patricio veneciano, y Lucrezia Agostini. Tío del cardenal Agostino Valier y tío abuelo del cardenal Pietro Valier.

Estudió filosofía en Padua y Venecia bajo la dirección de Antonio Genova y Vincenzo Madio.

Casado con Istriana Lando, nieta del dogo veneciano Pietro Lando, con quien tuvo dos hijos; su esposa murió joven y nunca se volvió a casar.

Fue embajador en Dalmacia y embajador ante el Emperador, en 1543. Más tarde, fue embajador en Alemania. Alcalde de Padua en 1547 y 1559. Embajador ante el rey de Francia, en 1548. Balí de Constantinopla, 1549-1551. Miembro del "Collegio dei X Savi", en 1552. Reformador del estudio de Padua. Consejero del Dogo. Embajador veneciano en Roma, de septiembre de 1555 a marzo de 1558.

Fue creado cardenal diácono en el consistorio del 26 de febrero de 1561. Promovido al orden de cardenales sacerdotes, el 2 de junio de 1561. Recibió el sombrero rojo y el título de "San Niccola fra le Immagini", el 3 de junio de 1561. Optó por el título de San Pancrazio, el 6 de julio de 1562, conservando el título de "San Niccola fra le Immagini" hasta el 7 de febrero de 1565. Optó por un título desconocido, el 31 de agosto de 1562.

Fue nombrado administrador de la diócesis de Verona, el 15 de septiembre de 1562. Junto con el cardenal Giovanni Girolamo Morone, legado al Concilio de Trento, el 7 de marzo de 1563, recibió la cruz legatina, el 17 de marzo de 1563; participó en el consejo de abril a diciembre de 1563. Optó por el título de Santa Susana, el 7 de febrero de 1565. Renunció a la administración antes del 13 de abril de 1565.