Hijo de Boncompagno Boncompagni, patricio boloñés, y su esposa, Cecilia Bargellini. Nieto del papa Gregorio XIII (Ugo Boncompagni), primo del cardenal Filippo Guastavillani y tío del cardenal Francesco Boncompagni III. Tío abuelo del cardenal Girolamo Boncompagni, también fue antepasado del cardenal Giacomo Boncompagni.

Estudió en la Universidad de Bolonia, donde se graduó en 1571. Poco después de recibir la tonsura clerical en la catedral de la ciudad, se convirtió en abad comendador de San Esteban y San Bartolomé.

Fue creado cardenal presbítero en el consistorio del 2 de junio de 1572, recibiendo 16 de junio de ese año birreta de cardenal y el título de San Sisto, que ya había sido de su tío convertido en Papa.

Superintendente General de los asuntos de la Santa Sede en 1572.

Gobernador de Civita Castellana de julio de 1577 a abril de 1581.

Penitenciario Mayor de agosto de 1579 hasta su muerte.

Prefecto de la Congregación para el Concilio de Trento a partir de 1580 hasta su muerte.

Arcipreste de la basílica de Santa María la Mayor en Roma de 1584 hasta su muerte.

Participó en el cónclave de 1585 del que surgió elegido el papa Sixto V.