Era el segundo hijo de Luis Gonzaga, marqués de Castel Goffredo, y Caterina Anguissola. Cuando murió su padre heredó el feudo de Castiglione y en 1559 obtuvo la investidura por el emperador Fernando I de Habsburgo.

En el mismo año fue a España, donde pasó varios años de su vida para completar su educación. En 1561 regresó a Castiglione. En 1565 él estaba en Viena para defender la causa del Emperador de las posesiones de los Gonzaga en el Monferrato. En 1566 estaba de nuevo en España, donde se enamoró de Marta Tana Santena de Chieri, hija de Baldassare Baron y Anna Della Rovere; el 15 de noviembre se casaron para entonces volver a Castiglione.

En 1570, de nuevo en España, participó en la guerra contra los moros de Granada y se mantuvo hasta 1571, cuando obtuvo del emperador Maximiliano II el título de marqués y procedió a extender su residencia. En 1577, para evitar la plaga que infecta Castiglione, partió con la familia para el Monferrato, donde tuvo un ataque de gota que le obligó a largos períodos de tratamiento. En 1579 él estaba en Venecia para resolver una cuestión de las fronteras de los dos estados.

De 1582 a 1584 está en España y Portugal, regresando a sus posesiones en 1584, renunciando en 1585 al marquesado en favor de su hermano Rodolfo.

Su primogénito, Luis, Fue un religioso jesuita venerado como santo por la Iglesia Católica.

Casado con Marta Tana Santena de Chieri

Padre de San Luis Gonzaga