Desde la época romana tuvo el carácter de fortaleza por su privilegiada situación a orillas del rio Guadalquivir.En la época musulmana el Alcázar formaba parte del conjunto de edificios que constituían el Palacio Califal.Tras la conquista cristiana por el rey Fernando III el Santo en 1236, el Alcázar se convirtió en residencia real, reedificándose en 1327 por el rey Alfonso XI.Los Reyes Católicos reconstruyeron el Alcázar por su pésimo estado de conservación y por la frecuencia con que lo utilizaron como residencia durante la Guerra de Granada.Cedido al Tribunal de la Inquisición, permaneció en el Alcázar hasta su abolición por las Cortes de Cádiz en 1812. En 1822 el edificio fue destinado a cárcel hasta 1931, sufriendo importantes deterioros. Posteriormente fue destinado a instalaciones militares hasta que en 1955 el edificio y el huerto fue cedido al Ayuntamiento de Córdoba. Fue calificado Monumento Histórico el 4 de junio de 1931 y edificio integrado por la UNESCO como patrimonio de la humanidad en 1994