Secretario y consejero de Felipe II y Felipe III. Presidente del Consejo de Órdenes, embajador y comendador mayor de León.

Fue hijo del secretario real Alonso de Idiáquez y de Gracia de Olazábal. Los cargos desempeñados por su padre le permitieron entrar en los círculos cortesanos, integrándose como menino en la Casa de la princesa doña María Manuela de Portugal. Heredó la encomienda de Villaescusa de Haro a la muerte de su padre y más tarde recibió el hábito de la orden de Santiago. En 1563 se casó con Mencía Manrique de Mújica con quien tuvo a su único hijo, Alonso de Idiáquez.

En 1573 fue nombrado por Felipe II embajador en Génova, un cargo que ocupó hasta 1578. Desde allí pasó a Venecia para sustituir al recientemente fallecido embajador, el canónigo Diego Guzmán de Silva. Como premio a sus servicios se le otorgó la encomienda de Penausende (Zamora). Cuando regresó a España se le encomendó un nuevo servicio diplomático como embajador en Francia, sin embargo, no llegó a ocupar el cargo al ser requerido como secretario de Estado en sustitución de Antonio Pérez. Asimismo, fue nombrado consejero de Guerra. Su buen hacer fue nuevamente recompensado por Felipe II con la concesión de la encomienda de Monreal y más tarde como comendador mayor de León.

Don Juan de Idiáquez fue uno de los cortesanos fundamentales durante las dos últimas décadas del reinado de Felipe II. Su figura destaca junto a las de don Juan de Zúñiga, Mateo Vázquez, don Cristóbal de Moura o el conde de Chinchón y junto a ellos participó en la Junta de Noche por donde pasaban todos los asuntos de gobierno. Idiáquez se encargó del despacho de los asuntos relativos a los Países Bajos, aunque también trató en materias de Estado, Guerra e, incluso, Hacienda. En 1586 entró a formar parte del Consejo de Estado.

La posición de relevancia de Idiáquez no se vio comprometida con el cambio de reinado, y así en 1599 alcanzó la presidencia del Consejo de Órdenes. También se le propuso como embajador para Alemania en 1605, sin embargo, Felipe III quiso mantener al secretario en Madrid donde le era más útil para los intereses de la Monarquía. En sus últimos años de vida trató de retirarse de la vida política o, por lo menos, ir reduciendo su carga de trabajo. Falleció en 1614.