Hasta su fundación, los asuntos tocantes a la jurisdicción territorial de Filipinas dependían de la Audiencia de Nueva España. Por Real Decreto de 5 de mayo de 1583, se crea la Real Audiencia y Chancillería de Manila, con un presidente, tres oidores, un fiscal y los "oficiales necesarios". Sus Ordenanzas, de la misma fecha, establecen la jurisdicción de la Audiencia en materia de apelaciones civiles y criminales de las sentencias emitidas por alcaldes mayores, corregidores y magistrados locales, por un lado, y por los alcaldes ordinarios y el cabildo de Manila, por el otro.

Se nombra a Santiago de Vera gobernador, capitán general y primer presidente de la recién creada Audiencia, instalada en la ciudad de Manila, que, no obstante, se suprimirá en el año 1590 por la falta de organización en el territorio y los abusos de su gobernador.

Poco después, en 1596, se emiten unas Ordenanzas para la restitución de la Audiencia de Manila, en la que se manda que gobierne de forma privativa el presidente de la Audiencia. En la Recopilación se establece, además, un alguacil mayor y un teniente de gran canciller, que completan su estructura administrativa. Tras su refundación, que se hace efectiva el 8 de junio de 1598 con la recepción del Real sello, la Audiencia permanecerá activa hasta la independencia del gobierno español.

En Filipinas, al igual que en otros territorios, la Gobernación era a la vez Capitanía General, por lo que el presidente de la Audiencia fue también gobernador del territorio (hasta 1861 en que se separan los cargos), capitán general, intendente de la Real Hacienda (desde el s. XVIII) y vicepatrono regio. En el caso de Filipinas también fue presidente del cabildo secular de Manila. Estos cargos le permitían tener poder en materia política, judicial, militar, financiera y eclesiástica, respectivamente.

Durante el s. XIX y hasta su disolución, se producirán una serie de cambios administrativos: En 1861 se separan los cargos de gobernador y capitán general, en 1879 se le dota de una Sala de lo Civil y otra de lo Criminal, con un fiscal para cada una, al igual que en México y Lima. En 1886 se desgaja de ella la Audiencia de Cebú y en 1893 la de Vigán. El R. D. de 5 de enero de 1891 otorga a las de Manila y Cebú el carácter de Audiencias Territoriales.