En consonancia con la restructuración realizada por Prieto al frente del ministerio de Defensa Nacional, el 27 de mayo de 1937, se constituyeron, de hecho, las respectivas comisarías correspondientes a las distintas subsecretarías del Ejército de Tierra, Marina y Aviación. También se decidió que el Comisario General de Guerra se incorporase al Estado Mayor Central.

Ya bajo el mandato de Juan Negrín al frente del departamento se acometieron una serie de reformas a partir de abril de 1938. El Comisariado del Ejército de Tierra se situaba bajo la suprema autoridad del ministro, pero situando al frente del mismo, como representante del ministro, al Comisario General de Guerra. Éste era ayudado en su labor por una Junta Consultiva, constituida por los subcomisarios generales, y presidida por el Comisario General. Se establecieron las siguientes categorías de comisarios dentro del Ejército de Tierra: División, Brigada, Batallón y Compañía. A ellos se podían habilitar, por nombramiento del ministro, comisarios para las grandes unidades y grupos de ejércitos. El decreto habilitaba la creación del Comisariado de Servicios del Ejército de Tierra (Intendencia, Sanidad, Transportes y Transmisiones). Este comisariado junto con el de la Flota y Aviación se unieron apra dar lugar en febrero de 1939 al Comisariado General de Defensa.