Tras el regreso del rey Fernando VII a España se inicia la denominada "Década Ominosa". El monarca extendió su represión a América mandando en 1815 un Ejército expedicionario de reconquista dirigido por el general Pablo Morillo, formado por más de diez mil hombres para pacificar el territorio ultramarino.

El objetivo de la expedición es consolidar su hegemonía en Venezuela y Nueva Granada, donde se mantenían los movimientos revolucionarios de Santa Fe de Bogotá y Cartagena de Indias, para después aislar el Río de la Plata.

El 3 de abril de 1815, el ejército del general Morillo llega a Venezuela. Crea un Consejo de guerra permanente contra los sublevados, sustituye la Audiencia por un Tribunal de apelaciones, establece una Junta de Secuestros para la confiscación de las propiedades de los rebeldes y exige un préstamo forzoso.

Morillo continúa su avance hacia Nueva Granada. En agosto de 1815 iniciará el bloqueo de Cartagena de Indias; después pasará al interior en dirección a Santa Fe de Bogotá. Las tropas de las Provincias Unidas de la Nueva Granada serán derrotadas y su presidente, Camilo Torres renunciará. La represión será tan dura como en Venezuela.

A finales de 1816 comienza la reacción independentista encabezada por Simón Bolívar. Tras las derrotas del Semén o La Puerta y Cojedes, se celebra el Congreso de Angostura (1819) donde Bolívar promueve la creación de la República de la Gran Colombia. Ese mismo año las tropas independentistas vencen en Boyacá.

En 1820 las tropas del general Pablo Morillo ocupan solamente Cartagena de Indias, Santa Marta, la costa de Nueva Granada y una zona de la costa venezolana.