Militar y africanista español. Hijo de Eduardo Bonelli, ingeniero agrónomo de origen italiano, y de Isabel Hernando.

Tras quedar huérfano y gracias a su facilidad para los idiomas, entró a trabajar de intérprete y traductor en el Consulado español de Rabat con sólo 14 años. Llamado a filas, a los veinte años, accedió a la Academia de Infantería de Toledo y se graduó como oficial del ejército.

Tras realizar unos viajes por Marruecos, Bonelli presenta al Ministro de la Guerra una propuesta para establecer contacto oficial con la población nómada de la costa sahariana que permitiera crear bases para los pescadores canarios en una zona que nunca había pertenecido a Marruecos siendo rechazada su propuesta.

Entonces Bonelli se encaminó al palacio de Buenavista para exponer sus ideas al Presidente del Consejo de Ministros, Cánovas del Castillo, el cual le recibió sin solicitud previa y le otorgó su confianza.

Desembarcó en el año 1884 en los alrededores de Villa Cisneros, ciudad que fundó posteriormente, y gracias a su dominio del árabe y su habilidad diplomática consiguió la adhesión de las tribus nómadas que permitieron la Declaración de Protectorado Español del Sahara Occidental en ese mismo año.

La ocupación del Sahara sólo le costó al estado español la cantidad de 7.500 pesetas que salieron del fondo de gastos secretos a disposición de la Presidencia del Consejo de Ministros.

Fue nombrado comisario regio en 1884 cesando en el cargo en 1886 para trabajar con el marqués de Comillas en la compañía trasatlántica.

En 1886 contrajo matrimonio con María Rubio Isern y fueron padres de varios hijos: Eduardo, Eulalia, Eugenio, Emilio, Elvira, Juan María y Ernesto.

A partir de 1.887 hizo varios viajes científicos y de exploración por la zona de Rio Muni partiendo de la colonia española de la isla de Fernando Poo con el mecenazgo del Marqués de Comillas escribiendo diversas obras sobre estos viajes.

Fue uno de los miembros fundadores de la Liga Africanista Española, de la que llegó a ser vicepresidente.

Falleció en Madrid en 1926.