La primera sede del museo se instaló en diversas salas del antiguo Seminario Diocesano de Lérida, actual rectorado de la Universidad de Lérida. En 1969 la Iglesia puso en venta el edificio del Seminario y las piezas del Museo se repartieron entre el Palacio Episcopal y la iglesia románica de San Martín.

En 1997 se firmó el convenio para la creación del Museo de Lérida Diocesano y Comarcal, con una única sede en el Hogar de San José, un antiguo convento carmelita. Las obras del nuevo museo de iniciaron en julio de 2003 y finalizaron el 30 de noviembre de 2007, fecha en la que fue inaugurado oficialmente.