La Compañía de Filipinas fue creada por real cédula del rey Carlos III, de 10 de marzo de 1785, como compañía privilegiada en el tráfico comercial transoceánico entre Asia, América y España. Fruto del pensamiento económico ilustrado, la sociedad por acciones nacía como consecuencia de las medidas liberalizadoras del comercio marítimo introducidas por los Borbones, que desembocarían en el Reglamento y aranceles para el comercio libre de 12 de octubre de 1778, por el que se autorizaron 13 puertos peninsulares y 24 ultramarinos para el comercio con Indias, en un intento de neutralizar los continuos bloqueos de ingleses, franceses y holandeses, y retornar a la situación anterior a la Guerra de Sucesión.

El asalto al monopolio comercial de España en Indias por las potencias europeas tuvo lugar desde el siglo XVI, pero es en el siglo XVIII cuando llega a su máxima expresión debido a los continuos enfrentamientos bélicos con Inglaterra y Francia, y al desarrollo industrial de los países competidores. Lo que es obvio en el Atlántico y el Caribe también ocurrió en la Especiería del Pacífico, el Mar Español. Después de varios proyectos frustrados que se suceden desde los años treinta, nace la Compañía de Filipinas a partir de un proyecto de Francisco Cabarrús, director del Banco de San Carlos e hijo de un comerciante de Bayona, para remodelar la Compañía Guipuzcoana de Caracas, que desde 1728 tenía el monopolio del comercio con Venezuela y se encontraba al borde de la quiebra debido a la liberalización. La nueva compañía heredaría el personal, los recursos materiales y los accionistas de la anterior, como también la importancia del departamento de San Sebastián y del astillero de Pasajes, pero se ocuparía de unir el comercio de América con Asia tomando como base las Islas Filipinas. Las islas eran entonces una zona de gran interés internacional cuya importancia estratégica se había revalorizado tras la recuperación de Manila, atacada y ocupada por los ingleses en 1762. Es decir, se le encomendaban las Indias Orientales y el Pacífico.

Fue la última en aparecer de las compañías privilegiadas de comercio, la mayoría surgidas entre 1728 y 1752 a imitación de las inglesas y holandesas, a las que se les otorgaban ventajas y exenciones que suponían el virtual monopolio sobre una área o región determinada con la intención de reforzar la posición comercial española en Ultramar. Se constituyó por un plazo de 25 años prorrogables, con un capital social de 8 millones de pesos. Participada por la familia real, el Banco de San Carlos, los Cinco Gremios Mayores de Madrid y por particulares, su ámbito de actuación era mucho más amplio y ambicioso que el de sus modelos europeos, ocupándose no sólo del intercambio entre España y Filipinas sino, de unir el comercio de Asia con América, de manera que su actividad se extendió también a México, Perú, Venezuela, la región de Río de la Plata, China e India. Se le autorizaba también a despachar barcos desde la Península a las Indias para cargar productos que vendía en Filipinas. Manila se declaró puerto franco para materias primas y manufacturas asiáticas durante el tiempo de duración de la compañía. Además, debería ocuparse del fomento de la agricultura, la minería, la industria, el transporte y el comercio interinsular, es decir, el desarrollo económico del archipiélago filipino, así como el establecimiento de una comunicación regular y directa con España a través del cabo de Buena Esperanza. Sus barcos podrían viajar también por el cabo de Hornos, pero el retorno debían hacerlo por el Índico sin tocar en puertos americanos.

Sedas, muselinas, fibras vegetales (abacá), especias, maderas preciosas, marfiles, perlas, porcelanas y otras manufacturas de lujo, colorantes (índigo), alimentos (azúcar, tabaco, café, cacao, arroz, coco), procedentes de China, Japón, la India y las Islas de la Especiería, eran algunas de las mercancías importadas. Este tráfico convivió con el Galeón de Manila, que desde 1573 cubría anualmente la travesía entre esa ciudad y Acapulco, y que se mantuvo como navío de permiso hasta su oficial desaparición en 1813.

Vivió una historia azarosa, soportando una gran conflictividad internacional e inestabilidad política interior: Trafalgar, la invasión francesa, las independencias americanas, el reinado de Fernando VII. El 12 de julio de 1803 obtuvo una nueva real cédula que prorrogaba su existencia, le concedía nuevos privilegios y reglamentaba su organización hasta 1825. El pronunciamiento de Riego en 1820 y la llegada al poder de los liberales acabó con sus privilegios, que ya no recuperó. Tras la desaparición del Consejo de Indias, el Consejo real la declaró extinguida el 6 de septiembre de 1834, cuando la metrópoli ya había perdido la mayor parte de sus territorios ultramarinos, pero su existencia, según Lourdes Díaz-Trechuelo, aún sin dar todos los frutos esperados, resulta un episodio imprescindible de la historia económica de España.

El Musée Goya de Castres (Francia) conserva un óleo de Francisco de Goya que representa la asamblea celebrada por la Compañía de Filipinas en 1815. En el cuadro figuran dos personalidades estrechamente vinculadas a la sociedad en esas fechas: Miguel Lardizábal y Uribe (1744-1823) ministro de Indias y José Luis Munáriz Iraizoz (1762-1830), que fueron así mismo objeto de sendos retratos individuales realizados por el pintor.