El Museo Casa de la Ciencia se sitúa en el Pabellón de Perú, un edificio propiedad del Ayuntamiento de Sevilla y cedido temporalmente al CSIC para la ubicación de este centro de divulgación. Se trata de un edificio histórico del conjunto patrimonial heredado de la Exposición Iberoamericana de 1929, obra de Manuel Piqueras Cotolí (1885-1937), reconocido arquitecto español nacido en Lucena, Córdoba, que desarrolló la mayor parte de su Carrera en Perú. Actualmente, el Museo Casa de la Ciencia comparte el edificio con el Consulado de Perú en Sevilla.