El monasterio fue fundado por Wifredo I, conde de Barcelona (ca. 840-897). Una vez conquistado el valle del Ter, Wifredo lo repobló mediante la fundación del monasterio de Sant Joan de les Abadesses, cuya iglesia fue consagrada en el año 887. Lo dotó con magnificencia para que lo gobernase su hija Emma, que fue su primera abadesa. Pronto se convirtió en uno de los grandes centros de la vida monástica de Cataluña durante la época condal.

El archivo del Monasterio de Sant Joan de les Abadesses ingresó en el ACA como consecuencia de la secularización de las religiosas canónicas agustinas de Cataluña, incluida la de Sant Joan, decretada por el papa Clemente VIII en 1592, con la atribución de sus rentas a las llamadas cinco dignidades reales creadas en las catedrales de Vic, Barcelona y Girona. Se produjo entonces una disputa por la posesión de los documentos entre los canónigos de Sant Joan y el arcediano de Badalona, una de las cinco dignidades reales, originando un largo pleito ante la Real Audiencia de Barcelona, que por sentencia de 1610 ordenó depositar los documentos en el Archivo Real, como se conocía entonces al ACA, en un armario independiente, para que tuviesen acceso ambas partes.