Junto a este decreto, ese mismo día, se promulgó otro que supuso la supresión del Consejo de Inquisición. Napoleón mostraba así su indignación por el Decreto del Consejo de Castilla de 11 de agosto de 1808 en el que se declaraban nulos e ilegales todos los actos del "Gobierno intruso". El decreto imperial no supuso el fin del Consejo puesto que se reunieron al día siguiente en la forma acostumbrada, crearon una Diputación y continuaron ocupándose de los asuntos de gobierno ordinario. Tras más de cuatrocientos años de existencia el supremo tribunal no volvería a ocupar su sede física en Madrid hasta la restauración de Fernando VII en 1814.