Cosmógrafo español del siglo XVI. Fue profesor de matemáticas en la Academia de Matemáticas sita en la corte de Madrid. En 1591 se trasladó a Indias para ocupar el cargo de cronista. El oficio de cronista y cosmógrafo de Indias había sido creado a instancias de Juan de Ovando con el objetivo de cumplir varias funciones: calcular y averiguar los eclipses lunares y otros fenómenos celestes, recopilar las derrotas y navegaciones de Ultramar así como la escritura de la historia general y natural de las Indias. El primero en ocupar el cargo fue Juan López de Velasco que fue sustituido por el licenciado Juan Arias de Loyola. Sin embargo, Arias no asumió las labores de cosmógrafo que fueron asignadas a Pedro Ambrosio de Ondériz. Su labor como cronista no estuvo a la altura de las expectativas y fue relevado del cargo en 1595 y sustituido por el mencionado Ondériz. No obstante esto, la carrera de cosmógrafo de Arias de Loyola siguió adelante y su invención de un procedimiento para calcular la longitud de un lugar fue premiada con 6000 ducados y una renta anual de 2000 ducados. Fue el autor del Tratado del modo de hallar la longitud y la aguja fija.