Este colegio se fundó inmediatamente después de la creación de la provincia y permaneció hasta la expulsión de los jesuitas. Encontramos noticias relativas al colegio en la carta que en 1658 el padre provincial Francisco de La Mora escribía al padre general acerca de los ministerios apostólicos que los jesuitas estaban realizando en la provincia. Con respecto a la labor del Colegio de Asunción dice "Del Colegio de Asunción del Paraguay se hacen misiones cada año por los pueblos circunvecinos [...] y también estos dos años se han hecho misiones a la Villarica de Maracayú y a los pueblos de su comarca".

Durante su primer siglo de historia el colegio solo brindaba las primeras letras para los vecinos de Asunción. En 1739 se inician los cursos de Arte y en 1758 los de Teología. Hacia el final de sus días el colegio asunceno brindaba todo lo necesario para poder recibir las órdenes sagradas.

El colegio poseía una biblioteca muy importante, la más grande del Paraguay y una de las más completas de la región, y un número considerable de propiedades y esclavos. Los jesuitas del colegio de Asunción poseían al momento de la expulsión 1002 esclavos. Una cuarta parte de los esclavos del Paraguay pertenecían al Colegio de Asunción.

Todo esto se perdió tras la expulsión. Los libros se enviaron a Buenos Aires, las propiedades y los esclavos se vendieron y hasta la iglesia del Colegio se tiró abajo para utilizar sus partes para apuntalar la iglesia Catedral. Las instalaciones del colegio se emplearon luego como Colegio Seminario, cuartel, y hoy, en dicho predio, se levanta el Parlamento Nacional.