En 1686, el Cabildo de la ciudad de Corrientes acordó solicitar la cooperación de la Compañía de Jesús para el establecimiento de una escuela de primeras letras y otra de latinidad, ofreciendo tierras para la ubicación del colegio y para formar la renta necesaria para su sostenimiento. La Casa de Corrientes, en un principio, tuvo consideración de Residencia (entonces conocida como hospicio). En un informe enviado por el gobernador de Buenos Aires, José de Herrera, al rey en agosto de 1692, se dice que hacía tres años que los jesuitas se habían asentado en la ciudad donde el cabildo les había otorgado un lugar para la Residencia, pegado a la antigua ermita de San Sebastián que usaban como oratorio.

Desde el Colegio jesuita de Corrientes se atendían las reducciones, que tenían por centro a Candelaria (en Misiones) y las de la zona del Itatím, en el Alto Paraguay. Esta labor apostólica se prolongó a lo largo de los siglos XVII y XVIII hasta julio de 1767, cuando, en cumplimento de la orden contenida en la Real Pragmática de Carlos III, los jesuitas fueron expulsados.