Colegio jesuita fundado en Nueva España dedicado a Santo Tomás de Aquino en honor al patrón del Cabildo Eclesiástico de Nueva Galicia.

El origen del Colegio lo encontramos en la petición que el obispo de Guadalajara, fray Domingo de Alzola, realizó al provincial donde solicitaba ayuda para llevar a cabo labores apostólicas en su diócesis. En respuesta, en 1586 fueron enviados a la mencionada ciudad los padres Pedro Díaz y Jerónimo López con el hermano Mateo de Illescas, quienes tuvieron un gran éxito en su misión. De esta forma, el obispo propuso al cabildo la fundación de un Colegio de la Compañía en la ciudad y negoció con el cabildo las condiciones para conceder a los jesuitas un edificio y rentas para su sostenimiento.

En 1591 se produjo la fundación definitiva del Colegio de Guadalajara con la misión de enseñar gramática a niños de 10 a 12 años. El alto clero había impuesto a los hermanos de la Compañía de Jesús la obligación de ofrecer educación gratuita a los naturales de la región novogalaica, favorecido por las considerables donaciones de los habitantes de Guadalajara en favor del Colegio de la Compañía.

Hacia el año 1592 había en el colegio nueve Jesuitas dedicados a diversas actividades apostólicas relacionadas con el colegio. Tiempo después, en el Catálogo de los bienes de la provincia de México, realizado el 16 de diciembre de 1653, aparece el Colegio de Guadalajara compuesto por "nueve sacerdotes, de los cuales uno enseña gramática, y tres coadjutores, de los cuales uno enseña a leer y escribir".

Tras la donación efectuada en 1688 por el canónigo Simón Ruiz Conejero para establecer en el Colegio las cátedras de Filosofía y Teología, se solicitó, en la vigésima Congregación Provincial de la Compañía de Jesús celebrada en 1689, la facultad para otorgar grados académicos.

El Colegio continuó funcionando de forma ordinaria hasta la expulsión en 1767.

En 1791 se concede cédula real que autoriza la creación de la Real y Literaria Universidad de Guadalajara. En 1793, el ex templo de Santo Tomás se convierte en sede de la Universidad.

Durante el agitado siglo XIX, la Universidad de Guadalajara fue clausurada y reabierta en varias ocasiones por los gobiernos liberales y conservadores que desfilaron por el Estado.

Hoy día es la sede de la Biblioteca Iberoamericana.