La masonería portuguesa alcanzó su unidad institucional en fechas muy tempranas. En 1869 tuvo lugar la unión de tres de las cuatro obediencias existentes hasta ese momento, el Gran Oriente Portugués, el Gran Oriente Lusitano y el Oriente del Rito Escocés, que dieron lugar al Gran Oriente Lusitano Unido (GOLU). En 1872 se integraría la cuarta obediencia, la Gran Logia Provincial del Oriente Irlandés.

Este hecho permitió al GOLU formar parte del selecto grupo de los once Supremos Consejos del Rito Escocés Antiguo y Aceptado que participaron en el importante congreso universal celebrado en 1875 en la ciudad suiza de Lausana, más conocido por el nombre de Convento masónico de Lausana, en el que, entre otras muchas cosas, se redefinieron las grandes constituciones del Escocismo, que estaban vigentes desde 1786. Esta participación proporcionó a la obediencia portuguesa un gran prestigio internacional, motivo por el cual muchas logias españolas estuvieron vinculadas a ella incluso después de la legalización de la masonería en España tras la promulgación de la constitución de 1869.

Con el cambio de siglo se produjeron grandes tensiones internas en el Gran Oriente Lusitano Unido entre aquellos miembros que demandaban una mayor implicación de la organización en los asuntos sociales y políticos y aquellos otros que trataban de mantener posturas de no intervención. Bernardino Machado, Gran Maestre hasta marzo de 1900, trató de impulsar una mayor participación en los asuntos públicos, y por esta razón en 1897 fue aprobada una nueva constitución que recogía algunas de las aspiraciones de los miembros más politizados, aunque el mayor peso del sector partidario de mantener por encima de todo el carácter ritualista de la Orden impidió que ésta se conviritiese en una organización política, como sucedía en aquellas mismas fechas con algunas obediencias masónicas en otros países europeos. Bernardino Machado fue sustituido en la gran maestría del GOLU por Luis Ferreira de Castro, representante de la línea más moderada, quien se mantuvo en el cargo hasta 1906, y que trató de atenuar las demandas de la corriente más radical.

No obstante, el Gran Oriente experimentó durante esos años un incremento notable en el número de sus afiliados y una ampliación de su base social, que fue haciéndose cada vez más heterogénea y menos elitista, de manera que cuando tuvo lugar la proclamación de la República en Portugal en 1910 dentro de la Orden era ya mayoritaria la tendencia que estaba comprometida con los valores políticos del nuevo republicanismo.

La masonería estuvo prohibida en Portugal entre 1935 y 1974 y fue legalizada de nuevo tras la transición a la democracia, restableciéndose entonces el Gran Oriente Lusitano que existe en la actualidad.