No se conoce con certeza la fecha de creación del Gran Oriente de España (GODE), aunque los indicios existentes apuntan a que habría sido fundado después de la legalización de la masonería en España tras la promulgación de la Constitución de 1869, probablemente por un grupo de disidentes del Gran Oriente Nacional de España (GONE).

El 21 de julio de 1870 el presidente del Consejo de Ministros Manuel Ruiz Zorrilla fue nombrado Gran Maestro del Gran Oriente y Soberano Gran Comendador de su Supremo Consejo del Grado 33. En marzo de 1874 fue sustituido en estos cargos por Juan de la Somera.

En julio de 1875 tuvo lugar una escisión dentro del Gran Oriente de España. Varias logias se separaron y constituyeron el Gran Oriente Legal y Regular de España bajo el liderazgo de su primer Gran Maestro, Juan Antonio Pérez, motivo por el cual esta organización fue conocida también como Gran Oriente de España de Pérez (GODEP), que pervivió hasta 1891.

Sin embargo, también en 1875 el Grande Oriente Ibero se fusionó con el de Gran Oriente de España. El 7 de abril de 1876 fue elegido Gran Maestro Práxedes Mateo Sagasta, jefe del Partido Liberal y presidente del Consejo de Ministros. El anterior Gran Maestro, Juan de la Somera, impulsó otra escisión y creó un tercer Gran Oriente de España de corta existencia, ya que solamente pervivió hasta el año de su muerte, acaecida en 1881.

El 10 de mayo de 1881 Mateo Sagasta fue sustituido por Antonio Romero Ortiz, ministro de Gracia y Justicia. Tras la muerte de éste fue elegido Gran Maestro el antiguo ministro Manuel Becerra, que tomó posesión de su cargo en julio de 1884. Tras su dimisión en 1886 se produjo una nueva escisión encabezada por el senador Ignacio Rojo Arias, que fundó otra obediencia conocida con el nombre de Gran Oriente de España de Rojo Arias (GODER). Éste tendría también una existencia muy breve, ya que desapareció sólo cuatro años más tarde, en 1890.

La fracción restante del Gran Oriente de España quedó constituida bajo el liderazgo de un nuevo Gran Maestro, el político y catedrático de Historia de la Universidad de Central de Madrid Miguel Morayta Sagrario.

Finalmente en 1889 esta rama del GODE acabó integrándose en el nuevo Gran Oriente de España, del que también fue elegido primer Gran Maestro Miguel Morayta.