Se desconoce el año exacto de creación del Gran Oriente Nacional de España (GONE), aunque hay noticias sobre varias organizaciones masónicas de existencia efímera que tuvieron este mismo nombre.

El primer dato seguro es la elección en 1865 como Gran Maestro del GONE del político extremeño Ramón María Calatrava Peinado, que ostentó el cargo hasta su fallecimiento en 1876. Éste imprimió a la obediencia una organización bastante centralizada, ya que recaían en la misma persona el cargo de Gran Maestro del Gran Oriente y el de Soberano Gran Comendador de su Supremo Consejo del Grado 33. Calatrava fue sucedido por Juan Antonio Seoane Bayón, I marqués de Seoane (1876-1887), y éste lo fue por el jurista José María Pantoja Agudo (1887-1896).

Tras la muerte del marqués de Seoane el 31 de enero de 1887 tuvo lugar una escisión, pues una parte de las logias se separaron y crearon otra obediencia llamada también Gran Oriente Nacional de España bajo el liderazgo de Alfredo Vega Fernández, vizconde consorte de Ros de Olano, su primer Gran Maestro. Esta nueva organización fue conocida en un principio con el nombre de Gran Oriente Nacional de España en torno al vizconde de Ros (GONER), pero en 1893 cambió su nombre por el de Gran Oriente Ibérico. El Gran Oriente Nacional de España desapareció en 1896.