Naturalista, médico, botánico y explorador francés. Estudió medicina en París, pero su vocación lo inclinó a las ciencias naturales, particularmente a la botánica. Estudio cirugía naval en Rochefort. Miembro de la expedición científica que dirigió Alexander von Humboldt a América del Sur recogiendo en varios volúmenes los resultados de dicho viaje. Destacó por su obra "Viaje a las regiones equinocciales del nuevo continente (1813 y 1815)".

Fue nombrado botánico del Jardín de la Malmaison de la emperatriz Josefina, esposa de Napoleón y desde este puesto hizo algunos viajes a Inglaterra, donde mantuvo contactos con naturalistas y líderes de la independencia americana. En 1818 regresó a Buenos Aires. Fue acusado de participar en el "complot de los franceses" en 1819 por sus comentarios políticos y la actitud subversiva de su esposa Adeline. En octubre de 1820 partió hacia Paraguay, donde visitó las antiguas misiones jesuitas y fundó una pequeña propiedad que prosperó.

Con la ascensión del dictador José Gaspar Tomás Rodríguez de Francia al poder en Paraguay, Bonpland fue acusado de conspirador y estuvo detenido durante diez años. Diversas personalidades, entre ellas Humboldt y Simón Bolívar, intervinieron para conseguir su libertad. En febrero de 1831 fue liberado y cruzó el Paraná llegando a Buenos Aires. Durante toda esa etapa hizo envíos de plantas al Museo de Historia Natural de París y mantuvo correspondencia con algunos de sus naturalistas. A partir de 1837 se siguió implicando en los movimientos políticos en la región de Corrientes, que pasaría a formar parte del territorio argentino en 1846.