Colegio jesuita en la provincia de Paraguay y, a partir de 1683, en la provincia de Chile.

Poco después de la creación de la provincia de Paraguay, en 1607, pasó a su jurisdicción la provincia de Chile y las obras de misión que allí realizaban los jesuitas. En el 1611, el padre Valdivia fundó cuatro residencias en tierras de misión, una de ellas en Concepción. Se encontraba en la frontera con los mapuches por lo que cerca de la ciudad se produjeron varios de los enfrentamientos de la Guerra de Arauco, a consecuencia la ciudad de Concepción se erigió pronto como centro militar.

Tres años más tarde, el mismo padre Valdivia, convirtió dicha residencia en Colegio que, en 1616, contaba con ocho padres y dos hermanos. Fue creciendo en transcendencia y, a comienzos de la segunda mitad del siglo XVII, se convirtió en uno de los más importantes de Chile. Cuando en 1651, el colegio jesuita de Santiago quedó destrozado por un terremoto, los estudiantes fueron enviados al Colegio de Concepción hasta su reparación.

En 1655, la rebelión de los araucanos tuvo repercusiones negativas que, según los cálculos efectuados por el padre Enrich, costaron al Colegio 47.000 pesos por la pérdida de ganado, viñas y lagares, entre otros bienes. El Colegio continuó siendo uno de los principales centros tras la creación de la provincia jesuita de Chile en 1683 y hasta la expulsión de la Compañía, contenida en la Real Pragmática de Carlos III y ejecutada en agosto de 1767.