El Maestre Racional dispuso desde sus orígenes de un Archivo diferenciado del Archivo Real, pero en dependencias del mismo Palacio Real. Allí se mantuvo incluso después de la supresión de la institución en 1714, hasta que en 1819 se trasladó a la Casa de la Bailía General, en la plaza de Sant Jaume, uniéndose en un mismo edificio con el Archivo de la Bailía. Se cumplía así lo dispuesto en el Reglamento para la nueva planta, custodia y gobierno del Archivo de la Bailía General, de 1804, por el que se incorporaba a éste el Archivo del Maestre Racional, pasando todo el conjunto a denominarse Archivo General del Real Patrimonio. Desde 1819, por tanto, ambos archivos han estado juntos en una misma y única institución, manteniéndose sus fondos en general separados y diferenciados, pero sin que se pudieran evitar en los sucesivos traslados mezclas de documentación. Hasta su entrada en la sede del ACA en 1936, en efecto, este Archivo del Real Patrimonio vivió un largo peregrinaje, motivado por circunstancias diversas: en 1823, al derribarse la Casa de la Bailía, pasó al entonces desamortizado Convento de San Juan de Jerusalén, de donde tuvo que trasladarse al poco tiempo debido a la restauración religiosa, ocupando entonces parte de una casa particular de vecinos. En 1846 se instaló en unos locales del Palacio Real Moderno, donde se mantuvo durante el sexenio revolucionario a pesar de las iniciativas para su traslado al Archivo de la Corona de Aragón. En 1875, al incendiarse el Palacio, pasó temporalmente a la Lonja y después a un edificio contiguo al convento de Santa Mónica. En 1910, se hace cargo del Archivo el Cuerpo Facultativo de Archiveros y Bibliotecarios y se instala en dependencias del antiguo Palacio de la Diputación, de donde pasa a otro edificio cercano en la calle del Obispo en 1927. En 1932, la República decide su incorporación al Archivo de la Corona de Aragón (art. 12 de la Ley de 22 de marzo de 1932), que se hace efectiva en 1934 (Orden de 1 de febrero), trasladándose los fondos a la sede del ACA en julio de 1936, poco antes de iniciarse la Guerra Civil. Aunque siempre se mantuvo la distinción entre los dos fondos principales, el de la Bailía General de Cataluña -con sus continuaciones del siglo XVIII incorporada a la Intendencia, y del siglo XIX como Bailía General del Real Patrimonio-, y el del Maestre Racional, al estar reunidos durante más de un siglo en un sólo Archivo y sufrir continuos traslados, una parte de la documentación quedó mezclada, siendo de difícil identificación. También está mezclada, por lo que se refiere al siglo XVIII, la documentación propia de la oficina continuadora de la Bailía General con la de otras oficinas de la Intendencia, cuyos fondos o se han perdido en gran parte (lo correspondiente a policía y ejército) o se han conservado en mayor proporción (lo correspondiente a hacienda, en el Archivo de la Delegación Provincial de Hacienda, hoy en el ACA).