Hijo del escritor Modesto Lafuente Zamalloa y de María Concepción Mellado Salvador. Hermanos: Justo Pastor y Ramiro Bruno Lafuente Mellado. Licenciado en Derecho Civil y Canónico por la Universidad Central de Madrid.

A partir de 1870 se estableció en Mayorga (Valladolid) para hacerse cargo de la gestión y administración de la propiedades que allí tenía la familia Lafuente, fijando su residencia estable en dicha localidad y convirtiéndose en alcalde de la misma, más adelante.

Fue nombrado apoderado y administrador de los bienes que Mariano Téllez Girón Beaufort, duque de Osuna y del Infantado, y conde duque de Benavente, poseía en Mayorga y Medina de Rioseco.

En 1876, junto a su madre y su hermano Ramiro y mediante escritura pública, cedió y vendió a los editores Ramón Montaner Vila y Francisco Simón Font, constituidos en la sociedad editorial Montaner y Simón, los derechos de propiedad intelectual de la obra Historia General de España de su padre Modesto Lafuente, por la cantidad de 50.000 pesetas.

Modestó José se casó Lucila Manuela Moreno Daniel y fueron padres de 11 hijos: Modesto Lafuente Moreno (1882-1887); María Asunción Margarita Lafuente Moreno (1883-?); María Encarnación Lafuente Moreno (1885-1899); María Purificación Juana Lafuente Moreno (1887-1979); Ramiro Pío Lafuente Moreno (1888-1888); María Concepción Lafuente Moreno (1890-1965); Maura Lafuente Moreno (1892-1982); Lucila Felisa Lafuente Moreno (1893-1967); María del Socorro Lafuente Moreno (1897-?); Modesto Claudio Lafuente Moreno (1900-?) y María de la Mercedes Lafuente Moreno (1904-1904).

En 1905 formalizó testamento dejando sus bienes a su esposa y a sus 7 hijos supervivientes: María Asunción, María Purificación, María Concepción, Maura, Lucila, María del Socorro y Modesto Claudio Lafuente Moreno.

A partir del año 1908 se vió involucrado, junto a Joaquín García-Bravo, esposo de su sobrina María Lafuente Taboada, en varios juicios a causa de la propiedad literaria de la Historia General de España, escrita por su padre Modesto Lafuente. Finalmente, la Audiencia Territorial de Barcelona dictó sentencia declarando que sólo la sociedad editorial Montaner y Simón podía ejercer el derecho a imprimir, editar y vender la obra paterna. Modesto José falleció en Mayorga, a los 70 años, y fue enterrado en el panteón familiar.