El 27 de mayo de 1808 se creó la Junta de Sevilla, calificándose a sí misma como Junta Suprema de España e Indias, bajo la presidencia del antiguo Secretario de Estado Francisco de Saavedra.

Su denominación dio una imagen de unidad y de la ciudad de Sevilla como la capital de la España libre de la ocupación francesa del territorio. La Junta sevillana publicó un periódico, la Gaceta Ministerial de Sevilla, donde daba cuenta de la formación de la Junta y de sus actividades.

Francisco de Saavedra comenzó a reorganizar de inmediato el aparato del Estado, así como a establecer un orden jerárquico con las otras juntas peninsulares. El 6 de junio, la Junta emitió la Declaración de Guerra al Emperador de Francia, Napoleón I.

El 15 de junio se enviaron misivas a América para explicarles la ocupación española y la resistencia de Sevilla, antes de que Napoleón les diera su versión de los hechos. Las tropas españolas consiguieron derrotar a Dupont en la Batalla de Bailén, en Jaén, el 19 de julio de 1808.

El 25 de septiembre de 1808 se constituyo en Aranjuez oficialmente la Junta Suprema Central y Gubernativa del Reino, que sustituye a la Junta Suprema de España e Indias. Estará presidida por el conde de Floridablanca.