Fundado el 7 de marzo de 1541 estuvo compuesto, originariamente, por dos alcaldes, seis regidores, un procurador, un mayordomo y un escribano. Entre sus primeras acciones estuvo el nombramiento de Pedro de Valdivia como gobernador de Chile. Las atribuciones del cabildo fueron bastante extensas sobre todo, hasta la fundación de la Real Audiencia a principios del siglo XVII. Así, entendía en cuestiones de gobierno ordinario, justicia, defensa, policía y salubridad y obras públicas. A partir de 1556 surge un nuevo cargo, el de alférez real y más tarde se incorporaron otros como el de alcalde de la hermandad, el depositario general o el receptor de penas de cámara.

Las Actas del Cabildo se conservan, actualmente, en el Archivo Nacional de Chile. No obstante, las actas de los primeros momentos del cabildo se perdieron a raíz de la destrucción de la ciudad de Santiago tras el ataque de los hombres del cacique Michimalonco en septiembre de 1541.