En la Audiencia Territorial de Valladolid existía un Secretario de Gobierno responsable de autorizar y dar cuenta de la tramitación de todos los asuntos gubernativos sin otra intervención en los que tengan carácter contencioso que la de darles el curso correspondiente en sus relaciones con la Presidencia, el Secretario de Gobierno ejercía también como secretario de los órganos de Gobierno de la Audiencia y su antecedente directo era la Secretaría del Real Acuerdo.

El nombramiento de los primeros secretarios de la Audiencia Territorial recaía en uno de los escribanos de Cámara de la Audiencia, a elección de ella por mayoría absoluta de votos, siendo reguladas por primera vez sus funciones con las Ordenanzas para las Audiencias de 20 de diciembre de 1835.

La situación se mantiene así hasta el año 1853, cuando a través del Real Decreto de 28 de octubre de 1853 se crean en todas las Audiencias del reino, en reemplazo de los secretarios archiveros de estas, unos secretarios letrados que se denominarán Secretarios de Gobierno, aplicando dicha denominación a partir de ese momento y hasta la desaparición de la Audiencia Territorial. El Reglamento de las Secretarías de Gobierno y Archivos de las Audiencias aparece poco después, el 28 de diciembre de 1853, dando cuenta por extenso de todas las funciones y obligaciones que se añaden a las que ya se regulaban en las Ordenanzas de 1835.

La Ley de Organización del Poder Judicial de 15 de septiembre de 1870 dispondrá de nuevo las funciones de los Secretarios de Gobierno destacando las siguientes:

- Realizar las funciones básicas de los secretarios en general en cuanto a su obligación de guardar secreto, custodiar y conservar los procesos y documentos que estuvieren a su cargo.

- No dar copia certificada o testimonio salvo mandato judicial.

- Llevar siempre al corriente los libros y registros que prevengan las leyes.

- Estar también al frente del Archivo del Tribunal, con el carácter, fe pública, atribuciones y responsabilidades de archivero en los tribunales en que no hubiera un archivero especial.

El artículo 484 de esta Ley establecía la necesidad de publicar una disposición reglamentaria que señale el número y condiciones de los libros que deben llevar los secretarios de las Audiencias. Pero esto no se llevará a cabo hasta el Decreto de 12 de abril de 1933 sobre los libros que deben llevar los secretarios de la Audiencias, y entre ellos, los que corresponden al Secretario de Gobierno.

El siguiente cambio sustancial vendrá de mano de la Ley de 8 de junio de 1947 sobre organización del Secretariado y personal auxiliar y subalterno de la Administración de Justicia, que establece las categorías del cuerpo de secretarios de la Administración de Justicia. Así, los secretarios de los Tribunales y de los Juzgados de Primera Instancia e Instrucción se fusionan formando un solo cuerpo con la denominación general de secretarios de la Administración de Justicia.

El Reglamento Orgánico del Cuerpo de Secretarios de la Administración de Justicia de 14 de mayo de 1956 se dicta con el fin de adaptar este cuerpo a la ley de 15 de julio de 1954, sobre situaciones de los funcionarios de la Administración Civil del Estado.

De este modo, el Cuerpo de Secretarios de la Administración de Justicia quedará integrado por dos ramas separadas, el secretariado de los Tribunales y el de los Juzgados de Primera Instancia e Instrucción, teniendo a todos los efectos la consideración de funcionarios públicos, con facultad propia para auxiliar a las Salas de Gobierno y a las de Justicia, y a los Jueces de Primera Instancia e Instrucción, según la rama a que pertenezcan.