Militar y ministro. Hijo de Manuel de la Puente que fue marino, ingeniero director de la Armada y caballero de la Orden de Santiago. Hizo su carrera militar en el arma de Artillería tras ingresar como cadete en el Colegio de Artillería el 5 de marzo de 1797; tres años más tarde fue promovido a subteniente.

Durante la Guerra de la Independencia, tuvo un papel destacado en el asedio de Gerona por parte del mariscal Saint-Cyr. En premio a sus servicios le fue entregada la Medalla de Oro del Ejército de Cataluña y la Cruz de San Fernando..

Fue luego director de la Maestranza de Cádiz; en el trayecto en barco fue herido y hecho prisionero por los franceses aunque logró huir cuando le conducían a Granada.

Coronel desde 1814 fue destinado a Cuba donde fue comandante de Artillería en La habana entre 1817 y 1821. Fue jefe político de Málaga y Sevilla. Fue ministro interino de Guerra con Fernando VII durante unas horas el 30 de abril de 1823. Rehabilitado en 1833, y brigadier desde 1834 su siguiente puesto fue como gobernador y superintendente de la Real Fábrica y Minas de Azogue de Almadén. Allí vivió el ataque y toma de la plaza por parte de los acrlistas; Puente fue hecho prisionero y canjeado en 1837.

Allí estaba cuando el 23 de octubre de 1836 le atacaron las facciones de Gómez, Cabrera y otros. Ante el avance carlista, el brigadier Manuel de la Puente fortificó parte de la población de Almadén, especialmente las ruinas del Castillo de Retamar, las casas cercanas y la Academia de Minas, denominando a todo el conjunto "fuerte de María Cristina". El 24 de octubre, ante las cortas fuerzas que tenía y el hecho de que la mitad de la población, tomada por los carlistas, estaba en llamas, Puente capituló, poniendo como condición que se respetase el establecimiento minero por ser un bien nacional. Puente fue conducido al depósito carlista de Marquina, donde fue canjeado en diciembre de 1837. En 1838 renunció a sus cargos en Almadén y se estableció en Sevilla. Recibió entonces la Gran Cruz de la Real y Militar Orden de San Hermenegildo. Fue senador electo por Ciudad Real para las legislaturas de 1840, 1841-1842, 1843-1844. Su último cargo fie el de gobernador de Cádiz.

Casado con María Manuela Álvarez Campana; padre de Ignacio de la Puente.