Hasta que en 2002 se estructuró en función de factores funcionales y operativos, históricamente el ejército español ha tenido una organización que, bajo denominaciones diversas, como capitanías generales, distritos, divisiones o regiones militares, siempre respondió a un criterio territorial. Al frente de ellas estaban los Capitanes Generales, que no solamente tenían funciones militares, sino también de gobierno político y de administración de justicia en sus respectivos territorios.

Fueron los Reyes Católicos quienes tras la conquista de Granada crearon en este reino la primera Capitanía General. Pero fue durante el siglo XVIII cuando se organizó el territorio militarmente en capitanías coincidentes con los territorios de los antiguos reinos. El siguiente siglo vio diversas modificaciones tanto en su número como en su denominación.

Así, la Ley constitutiva del Ejército de 29 noviembre de 1878 establece que la división territorial militar consta de los distritos de Castilla la Nueva, Cataluña, Andalucía, Valencia, Gali­cia, Aragón, Granada, Castilla la Vieja, Extremadura, Na­varra, Provincias Vascongadas, Burgos, islas Baleares e islas Canarias. Además, las islas de Cuba, Puerto Rico y Filipinas constituyen igualmente otros tres distritos militares. Al frente de cada una de estas demarcaciones habrá una autoridad superior, un militar con rango de capitán general o de teniente gene­ral con el título de Capitán General de Distrito.

Sin embargo, esta organización experimentará una profunda transformación con el Real Decreto sobre división territorial militar de 29 de agosto de 1893. Los antiguos distritos pasaron a denominarse regiones militares.

La organización territorial del Ejército de Tierra en base a unas demarcaciones llamadas regiones militares se inició con este Real Decreto de 1893 y perduró hasta el año 2002, aunque sometida a numerosos cambios. Sin embargo, ello no supuso la desaparición del cargo de Capitán General, sino que, por el contrario, éste continuó siendo la principal autoridad de la región.

El Capitán General tenía su sede en la ciudad que era cabecera de la región militar, que por ello siguió recibiendo el nombre de Capitanía General. La figura del Capitán General fue suprimida temporalmente durante el periodo de 1931 a 1940 y definitivamente en 2002.

Tras la aprobación del Real Decreto de 1893 la organización territorial militar de la Segunda Región abarcaba las antiguas demarcaciones de Sevilla y Granada, que incluía las provincias de Sevilla, Huelva, Córdoba, Cádiz, Jaén, Granada, Málaga y Almería.

Por otro Real Decreto de 31 de mayo de 1899 se modifican los nombres de las regiones militares, que recuperan sus antiguas denominaciones geográficas, Andalucía en el caso de la II Región, aunque se mantiene su número y distribución territorial.

Por un Real Decreto de 2 de noviembre de 1904 se modifica de nuevo el nombre de las regiones militares, que pierden sus denominaciones geográficas y vuelven a distinguirse solo por su numeración.

Con la Ley de Bases para la Reorganización del Ejército de 29 de junio de 1918 se entró en una etapa de mayor estabilidad, pues se estableció una organización que permaneció hasta la Segunda República. Dicha ley fijaba en ocho las regiones militares en el territorio peninsular, a las que se añadían las dos regiones militares independientes de Baleares y Canarias. Con esta nueva organización se desgajan de la segunda región militar las provincias de Jaén y Almería, que pasan a depender de las regiones primera y tercera respectivamente.

Proclamada la II República, por un Decreto de 16 de junio de 1931 se suprimen las ocho regiones militares, los dos distritos insulares de Baleares y Canarias y el cargo de Capitán General de Región. Las nuevas demarcaciones pasan a denominarse divisiones orgánicas, al frente de cada una de las cuales se sitúa a un general de división con competencias exclusivamente militares. Asimismo, se crean las comandancias militares de Baleares y de Canarias, a cuyo mando también se nombra a un general de división.

Iniciada la Guerra Civil la estructura de las divisiones orgánicas se vio modificada de acuerdo con el desarrollo de la contienda. En la zona republicana en un primer momento se mantuvieron, pero por un Decreto de 10 de julio de 1937 fueron suprimidas las divisiones primera, tercera y cuarta, las últimas cuyo territorio todavía se encontraba bajo el control del gobierno republicano.

Por su parte, el ejército sublevado recuperó la denominación de regiones militares y fue restableciéndolas a medida que ocupaba nuevos territorios. Por un Decreto de 12 de julio de 1938 se constituyó la II Región Militar, que incluía los territorios ocupados en Andalucía y la provincia de Badajoz.

Terminada la guerra, por una Orden del Ministerio de Defensa Nacional de 4 de julio de 1939 se reorganizan provisionalmente las regiones militares, la segunda región tendrá su sede en Sevilla y estará integrada por las provincias de Sevilla, Córdoba, Huelva, Cádiz, Málaga, Granada, Jaén y Almería.

Por un Decreto de 5 de abril de 1940 se recupera la antigua denominación de Capitanías Generales para las cabeceras de las regiones militares.

Por una Orden del Ministerio del Ejército de 22 de febrero de 1944 se crea la Novena Región Militar, integrada por las provincias de Granada, Málaga y Almería, a las que se uniría la de Jaén en virtud de un Decreto de 9 de abril de 1959.

Por otro Decreto de 11 de febrero de 1960 se modifica el territorio de algunas regiones militares. La provincia de Badajoz deja de pertenecer a la primera región y se integra en la segunda.

Esta organización se mantendrá sin variaciones hasta 1984, año en que se reestructura de nuevo la organización territorial del Ejército de Tierra. Con el Real Decreto de 1 de agosto de 1984 el número de demarcaciones se reduce a seis regiones militares peninsulares y dos zonas militares insulares. La Segunda Región, Región Militar Sur, con Mando y Cuartel General en Sevilla, comprende las provincias de Sevilla, Huelva, Cádiz, Córdoba, Málaga, Granada, Jaén y Almería, así como Ceuta, Melilla, los peñones de Alhucemas y Vélez de la Gomera y las islas Chafarinas.

En 1997, por un Real Decreto de 11 de julio, se redefinió esta organización territorial, reduciéndose las regiones militares peninsulares a cuatro. La Segunda Región, Región Militar Sur, comprende entonces las comunidades autónomas de Andalucía y Murcia.

Finalmente, en 2002, con el Real Decreto 912/2002, de 6 de septiembre, la estructura básica de los ejércitos abandona definitivamente la territorialidad en beneficio de otros factores de carácter funcional. En su artículo primero se establece que en lo sucesivo el Ejército de Tierra, la Armada y el Ejército del Aire, bajo el mando de sus respectivos jefes de Estado Mayor, estarán estructurados en Cuartel General, Fuerza y Apoyo a la Fuerza.