Hasta que en 2002 se estructuró en función de factores funcionales y operativos, históricamente el ejército español ha tenido una organización que, bajo denominaciones diversas, como capitanías generales, distritos, divisiones o regiones militares, siempre respondió a un criterio territorial. Al frente de ellas estaban los Capitanes Generales, que no solamente tenían funciones militares, sino también de gobierno político y de administración de justicia en sus respectivos territorios.

Fueron los Reyes Católicos quienes tras la conquista de Granada crearon en este reino la primera Capitanía General. Pero fue durante el siglo XVIII cuando se organizó el territorio militarmente en capitanías coincidentes con los territorios de los antiguos reinos. El siguiente siglo vio diversas modificaciones tanto en su número como en su denominación.

Así, la Ley constitutiva del Ejército de 29 noviembre de 1878 establece que la división territorial militar consta de los distritos de Castilla la Nueva, Cataluña, Andalucía, Valencia, Gali­cia, Aragón, Granada, Castilla la Vieja, Extremadura, Na­varra, Provincias Vascongadas, Burgos, islas Baleares e islas Canarias. Además, las islas de Cuba, Puerto Rico y Filipinas constituyen igualmente otros tres distritos militares. Al frente de cada una de estas demarcaciones habrá una autoridad superior, un militar con rango de capitán general o de teniente gene­ral con el título de Capitán General de Distrito.

Sin embargo, esta organización experimentará una profunda transformación con el Real Decreto sobre división territorial militar de 29 de agosto de 1893. Los antiguos distritos pasaron a denominarse regiones militares. La organización territorial del Ejército de Tierra en base a unas demarcaciones llamadas regiones militares se inició con este Real Decreto de 1893 y perduró hasta el año 2002, aunque sometida a numerosos cambios. Sin embargo, ello no supuso la desaparición del cargo de Capitán General, sino que, por el contrario, éste continuó siendo la principal autoridad de la región. El Capitán General tenía su sede en la ciudad que era cabecera de la región militar, que por ello siguió recibiendo el nombre de Capitanía General. La figura del Capitán General fue suprimida temporalmente durante el periodo de 1931 a 1940 y definitivamente en 2002.

Tras la aprobación del Real Decreto de 1893 la Tercera Región militar quedaba constituida por la antigua demarcación de Valencia que incluía las provincias de Castellón, Valencia, Alicante, Murcia, Albacete y Cuenca.

Por un Real Decreto de 31 de mayo de 1899 las regiones recobran sus antiguas denominaciones geográficas: Castilla la Nueva, Andalucía, Valencia, Cataluña, Aragón, Norte, Castilla la Vieja y Galicia, aunque se mantiene su número y distribución territorial. El cambio no duró mucho tiempo, pues por otro Real Decreto de 2 de noviembre de 1904 se devuelve el nombre de regiones militares, que pierden de nuevo sus denominaciones geográficas para distinguirse solo por su numeración.

Por un Real Decreto de 2 de noviembre de 1904 se suprime de nuevo la octava región y la provincia de Teruel se desgaja de la quinta región pasa integrarse en la tercera.

Por un Real Decreto de 17 de enero de 1907 se restablece nuevamente la octava región y se reordenan los territorios de otras, entre ellas el de la tercera, de la que se desgaja la provincia de Cuenca, que pasa a integrarse en la primera.

Con la Ley de Bases para la Reorganización del Ejército de 29 de junio de 1918 se entró en una etapa de mayor estabilidad, pues se estableció una organización que permaneció hasta la Segunda República. Así, queda fijado en ocho el número de regiones militares en el territorio peninsular, a las que se añadían las dos regiones militares independientes de Baleares y Canarias. La Tercera Región estará constituida por las provincias de Valencia, Alicante, Albacete, Murcia y Almería.

Proclamada la República, por un Decreto de 16 de junio de 1931 se suprimen las ocho regiones militares, los dos distritos insulares de Baleares y Canarias y el cargo de Capitán General de Región. Las nuevas demarcaciones pasan a denominarse divisiones orgánicas, al frente de cada una de las cuales se sitúa a un general de división con competencias exclusivamente militares.

Iniciada la Guerra Civil la estructura de las divisiones orgánicas se vio modificada de acuerdo con el desarrollo de la contienda. En la zona republicana en un primer momento se mantuvieron las divisiones orgánicas, pero por un Decreto de 10 de julio de 1937 fueron suprimidas las divisiones primera, tercera y cuarta, las últimas cuyo territorio todavía se encontraba bajo el control del gobierno republicano.

Por su parte, el ejército sublevado recuperó la denominación de regiones militares y fue restableciéndolas a medida que ocupaba nuevos territorios. Una vez terminada la guerra, por una Orden del Ministerio de Defensa Nacional de 4 de julio de 1939 se reorganizan provisionalmente las regiones militares. La Tercera Región, con capital en Valencia, extiende su jurisdicción a las provincias de Valencia, Alicante, Castellón, Murcia y Albacete.

Esta organización territorial se verá confirmada unos días después por el Decreto de 24 de julio de 1939. Por su parte el Decreto de 5 de abril de 1940 recuperaba la antigua denominación de Capitanías Generales para las cabeceras de las regiones militares y el cargo de Capitán General como principal autoridad militar en cada demarcación.

Por un Real Decreto de 1 de agosto de 1984 las regiones militares fueron reducidas de nueve a seis. La Tercera Región no experimentó ningún cambio territorial, pero sí en su nombre, ya que pasó a denominarse Tercera Región Militar. Región Militar Levante.

Por un Real Decreto de 11 de julio de 1997 las regiones militares se redujeron a cuatro. La Tercera Región pasó a denominarse Tercera Región. Región Militar Pirenaica, integrada por los territorios de las comunidades autónomas de Aragón, Cataluña y Navarra.

Finalmente, con el Real Decreto 912/2002, de 6 de septiembre, la estructura básica de los ejércitos abandona definitivamente la territorialidad en beneficio de otros factores de carácter funcional y operativo, estableciéndose que en lo sucesivo "el Ejército de Tierra, la Armada y el Ejército del Aire, bajo el mando de sus respectivos jefes de Estado Mayor, estarán estructurados en Cuartel General, Fuerza y Apoyo a la Fuerza" (artículo primero).