Hasta que en 2002 se estructuró en función de factores funcionales y operativos, históricamente el ejército español ha tenido una organización que, bajo denominaciones diversas, como capitanías generales, distritos, divisiones o regiones militares, siempre respondió a un criterio territorial. Al frente de ellas estaban los Capitanes Generales, que no solamente tenían funciones militares, sino también de gobierno político y de administración de justicia en sus respectivos territorios.

Fueron los Reyes Católicos quienes tras la conquista de Granada crearon en este reino la primera Capitanía General. Pero fue durante el siglo XVIII cuando se organizó el territorio militarmente en capitanías coincidentes con los territorios de los antiguos reinos. El siguiente siglo vio diversas modificaciones tanto en su número como en su denominación.

Así, la Ley constitutiva del Ejército de 29 noviembre de 1878 establece que la división territorial militar consta de los distritos de Castilla la Nueva, Cataluña, Andalucía, Valencia, Gali­cia, Aragón, Granada, Castilla la Vieja, Extremadura, Na­varra, Provincias Vascongadas, Burgos, islas Baleares e islas Canarias. Además, las islas de Cuba, Puerto Rico y Filipinas constituyen igualmente otros tres distritos militares. Al frente de cada una de estas demarcaciones habrá una autoridad superior, un militar con rango de capitán general o de teniente gene­ral con el título de Capitán General de Distrito.

Sin embargo, esta organización experimentará una profunda transformación con el Real Decreto sobre división territorial militar de 29 de agosto de 1893. Los antiguos distritos pasaron a denominarse regiones militares. La organización territorial del Ejército de Tierra en base a unas demarcaciones llamadas regiones militares se inició con este Real Decreto de 1893 y perduró hasta el año 2002, aunque sometida a numerosos cambios. Sin embargo, ello no supuso la desaparición del cargo de Capitán General, sino que, por el contrario, éste continuó siendo la principal autoridad de la región. El Capitán General tenía su sede en la ciudad que era cabecera de la región militar, que por ello siguió recibiendo el nombre de Capitanía General. La figura del Capitán General fue suprimida temporalmente durante el periodo de 1931 a 1940 y definitivamente en 2002.

Tras la aprobación del Real Decreto de 1893 la Sexta Región militar abarcaba las antiguas demarcaciones de Burgos, Navarra y Vascongadas e incluía las provincias de Álava, Guipúzcoa, Vizcaya, Navarra, Burgos, Santander y Logroño. Su Capitanía General estaba en Burgos.

Por un Real Decreto de 31 de mayo de 1899 se recuperan para las regiones las antiguas denominaciones geográficas: Castilla la Nueva, Andalucía, Valencia, Cataluña, Aragón, Norte, Castilla la Vieja y Galicia, aunque se mantiene su número y distribución territorial. El cambio no duró mucho tiempo pues por otro Real Decreto de 2 de noviembre de 1904 las regiones militares pierden de nuevo sus denominaciones geográficas y pasan a distinguirse solo por su numeración. Por este mismo Real Decreto se lleva a cabo la reforma de la jurisdicción de algunas regiones, incluyendo la de la Sexta Región, que pasa a estar integrada por las provincias de Burgos, Álava, Guipúzcoa, Vizcaya, Santander, Palencia y Soria.

El Real Decreto de 17 de enero de 1907 reorganiza de nuevo la jurisdicción de algunas regiones; la provincia de Soria es desgajada de la Sexta Región y se integra en la Quinta.

Con la Ley de Bases para la Reorganización del Ejército de 29 de junio de 1918 se entró en una etapa de mayor estabilidad, pues se estableció una organización que permaneció hasta la II República. Así, queda fijado en ocho el número de regiones militares en el territorio peninsular, a las que se añadían las dos regiones militares independientes de Baleares y Canarias. A partir de ese año la Sexta Región integra las provincias de Navarra, Álava, Guipúzcoa, Vizcaya, Burgos, Logroño, Santander y Palencia.

Proclamada la II República, por un Decreto de 16 de junio de 1931 se suprimen las ocho regiones militares, los dos distritos insulares de Baleares y Canarias y el cargo de Capitán General de Región. Las nuevas demarcaciones pasan a denominarse divisiones orgánicas, al frente de cada una de las cuales se sitúa a un general de división con competencias exclusivamente militares.

Iniciada la Guerra Civil, la estructura de las divisiones orgánicas se vio modificada de acuerdo con el desarrollo de la contienda. En la zona republicana en un primer momento se mantuvieron las divisiones orgánicas, pero por un Decreto de 10 de julio de 1937 fueron suprimidas las divisiones primera, tercera y cuarta, las últimas cuyo territorio todavía se encontraba bajo el control del gobierno republicano. Por su parte, el ejército sublevado recuperó la denominación de regiones militares y fue restableciéndolas a medida que ocupaba nuevos territorios, entre ellas la Sexta, que se crea mediante Decreto de 31 de octubre de 1937.

Una vez terminada la guerra, por una Orden del Ministerio de Defensa Nacional de 4 de julio de 1939 se reorganizan provisionalmente las regiones militares. La Sexta Región, con capital en Burgos, se integra de las mismas provincias establecidas en la ley de 1918: Burgos, Logroño, Navarra, Álava, Guipúzcoa, Vizcaya, Santander y Palencia.

Esta organización territorial se verá confirmada unos días después por el Decreto de 24 de julio de 1939. Por su parte, el Decreto de 5 de abril de 1940 recuperaba la antigua denominación de Capitanías Generales para las cabeceras de las regiones militares y el cargo de Capitán General como principal autoridad militar en cada demarcación.

Por el Decreto de 11 de febrero de 1960 se llevó a cabo la modificación del territorio de algunas regiones militares, entre ellos el de la sexta región, de la que fue desgajada la provincia de Palencia, que pasó a formar parte de la séptima.

Por el Real Decreto de 1 de agosto de 1984 el número de regiones militares se redujo de nueve a seis, además de dos zonas militares insulares. La Sexta Región, también llamada ahora Región Militar Noroeste, con Mando y Cuartel General en La Coruña, pasa a estar integrada por las provincias de La Coruña, Lugo, Orense, Pontevedra, Asturias, León, Zamora, Salamanca, Valladolid y Palencia. A excepción de la de Palencia, las provincias que hasta ese momento formaban parte de la Sexta Región se integran ahora en la Quinta Región, Región Militar Pirenaica Occidental.

Por otro Real Decreto de 11 de julio de 1997 las regiones militares peninsulares se reducen de seis a cuatro:

Primera Región: Región Militar Centro.

Segunda Región: Región Militar Sur.

Tercera Región: Región Militar Pirenaica.

Cuarta Región: Región Militar Noroeste.

A las que se añaden cuatro zonas militares extrapeninsulares: Baleares, Canarias, Ceuta y Melilla.

Las provincias que hasta ese momento formaban parte de la Sexta Región se integran ahora en la Cuarta Región, Región Militar Noroeste, que extiende su jurisdicción sobre las comunidades autónomas de Asturias, Cantabria, Castilla y León, Galicia, País Vasco y La Rioja.

Finalmente, en 2002, con el Real Decreto 912/2002, de 6 de septiembre, la estructura básica de los ejércitos abandona definitivamente la territorialidad en beneficio de otros factores de carácter funcional y operativo, estableciéndose que en lo sucesivo "el Ejército de Tierra, la Armada y el Ejército del Aire, bajo el mando de sus respectivos jefes de Estado Mayor, estarán estructurados en Cuartel General, Fuerza y Apoyo a la Fuerza" (artículo primero).