Históricamente el ejército español ha tenido una organización que, bajo denominaciones diversas, como capitanías generales, distritos, divisiones o regiones militares, siempre respondió a un criterio territorial. Al frente de ellas estaban los Capitanes Generales, que no solamente tenían funciones militares, sino también de gobierno político y de administración de justicia en sus respectivos territorios.

Fueron los Reyes Católicos quienes tras la conquista de Granada crearon en este reino la primera Capitanía General. Pero fue durante el siglo XVIII cuando se organizó el territorio militarmente en capitanías coincidentes con los territorios de los antiguos reinos. El siguiente siglo vio diversas modificaciones tanto en su número como en su denominación.

Así, la Ley constitutiva del Ejército de 29 noviembre de 1878 establece que la división territorial militar consta de los distritos de Castilla la Nueva, Cataluña, Andalucía, Valencia, Gali­cia, Aragón, Granada, Castilla la Vieja, Extremadura, Na­varra, Provincias Vascongadas, Burgos, islas Baleares e islas Canarias. Además, las islas de Cuba, Puerto Rico y Filipinas constituyen igualmente otros tres distritos militares. Al frente de cada una de estas demarcaciones habrá una autoridad superior, un militar con rango de capitán general o de teniente gene­ral con el título de Capitán General de Distrito.

Sin embargo, esta organización experimentará una profunda transformación con el Real Decreto sobre división territorial militar de 29 de agosto de 1893. Los antiguos distritos pasaron a denominarse regiones militares. La organización territorial del Ejército de Tierra en base a unas demarcaciones llamadas regiones militares se inició con este Real Decreto de 1893. Sin embargo, ello no supuso la desaparición del cargo de Capitán General, sino que, por el contrario, éste continuó siendo la principal autoridad de la región. El Capitán General tenía su sede en la ciudad que era cabecera de la región militar, recibiendo el nombre de Capitanía General. La figura del Capitán General fue suprimida temporalmente durante el periodo de 1931 a 1940 y definitivamente en 2002.

Por el Real Decreto de 1893 se crean siete regiones miltares; la Segunda integra a las ocho provincias andaluzas: Córdoba, Sevilla, Huelva, Cádiz, Jaén, Granada, Málaga y Almería.

Esta composición territorial se mantuvo bastante estable a lo largo del tiempo, exceptuando el periodo comprendido entre 1918 y 1939, en que la provincia de Jaén estuvo vinculada a la Primera Región y la de Almería a la Tercera.

Proclamada la II República, por un Decreto de 16 de junio de 1931 se suprimen las regiones militares, los dos distritos insulares de Baleares y Canarias y el cargo de Capitán General de Región. Las nuevas demarcaciones pasan a denominarse divisiones orgánicas, al frente de cada una de las cuales se sitúa un general de división con competencias exclusivamente militares.

Durante la Guerra Civil el ejército sublevado recuperó la denominación de regiones militares y fue restableciéndolas a medida que ocupaba nuevos territorios. Por un Decreto de 12 de julio de 1938 se restablece la Segunda Región Militar.

Terminada la guerra, por una Orden del Ministerio de Defensa Nacional de 4 de julio de 1939 se reorganizan provisionalmente las regiones militares. La Segunda Región, con capital en Sevilla, vuelve a estar integrada por las ocho provincias andaluzas.

El Decreto de 5 de abril de 1940 recuperaba la antigua denominación de Capitanías Generales para las cabeceras de las regiones militares y el cargo de Capitán General como principal autoridad militar en cada demarcación.

En 1944, mediante una Orden ministerial de 22 de febrero, se constituye la Novena Región Militar. Su creación responde a criterios geoestratégicos relacionados con el desarrollo de la Segunda Guerra Mundial. La Novena Región Militar, con capital en Granada, incluye las provincias de Almería, Granada y Málaga, hasta entonces pertenecientes a la Segunda Región. Posteriormente, en virtud de un Decreto de 9 de abril de 1959, la provincia de Jaén se integra también en la Novena Región.

En el caso de la provincia de Málaga, un Decreto de 12 de noviembre de 1948 dispone que, con el fin de limitar la jurisdicción del gobernador militar del campo de Gibraltar, la zona limítrofe de Algeciras permanecerá temporalmente bajo la jurisdicción del Capitán General de la Segunda Región Militar. Esta situación fue revocada por otro Decreto de 29 de abril de 1949, volviendo la jurisdicción del citado territorio a la Novena Región.

Por un Real Decreto de 1 de agosto de 1984 las regiones militares fueron reducidas de nueve a seis. Las regiones séptima, octava y novena fueron suprimidas y las provincias de Granada, Málaga, Almería y Jaén se incorporaron a la Segunda Región, Región Militar Sur.

Las regiones militares fueron suprimidas por el Real Decreto 912/2002, de 6 de septiembre, por el cual la estructura básica de los ejércitos abandona definitivamente el criterio de territorialidad en beneficio de otros factores de carácter funcional y operativo, estableciéndose en el artículo primero de este Real Decreto que en lo sucesivo el Ejército de Tierra, la Armada y el Ejército del Aire, bajo el mando de sus respectivos jefes de Estado Mayor, estarán estructurados en Cuartel General, Fuerza y Apoyo a la Fuerza.