El origen de las auditorías de guerra se remonta al siglo XV, probablemente al reinado de los Reyes Católicos. Las sucesivas leyes y ordenanzas militares otorgaban a los capitanes generales y jefes de los ejércitos y armadas unos poderes muy amplios que incluían funciones judiciales. Como solían carecer de la formación jurídica necesaria, las mismas leyes señalaban que cada uno de ellos debía contar con un auditor de guerra que le asistiera en el desempeño de sus atribuciones jurisdiccionales.

Los auditores de guerra debían ser letrados, es decir, licenciados en Derecho con experiencia en asuntos de justicia; eran designados por los capitanes y comandantes, a quienes asesoraban en materia de justicia y en cuyo nombre juzgaban las causas civiles y criminales y resolvían los demás asuntos judiciales suscitados en el seno del ejército. Asimismo, los auditores estaban dotados de fe pública notarial, de la que usaban para autenticar los testamentos de los soldados fallecidos y para levantar acta de los bienes dejados por los que morían sin haberlo hecho.

En lo que respecta a los ejércitos en campaña existían dos tipos de auditores: los auditores generales de los ejércitos y las armadas, bajo la dependencia de sus generales o almirantes, y los auditores particulares de cada regimiento, tercio, cuerpo de ejército o escuadra, bajo la dependencia de sus respectivos comandantes o maestres de campo; a estos se añadían los auditores de las guarniciones de los presidios y plazas fuertes, que estaban bajo la autoridad de sus gobernadores.

Junto a estos auditores de los ejércitos en campaña se encontraban también los auditores de guerra que ejercían sus funciones junto a los capitanes generales que estaban a cargo del gobierno de un territorio, departamento, provincia o distrito.

Desde el siglo XVI el territorio español se dividió desde el punto de vista de la administración militar en unos distritos que recibieron el nombre de capitanías generales, al frente de las cuales se encontraban los capitanes generales. Éstos no solo tenían funciones militares, sino también de gobierno político y de administración de justicia en sus respectivos territorios. Exceptuando algunos breves periodos, los capitanes generales tuvieron siempre atribuciones en materia de justicia, que ejercían con la asistencia y asesoramiento de su auditor de guerra.

La organización territorial del Ejército de Tierra experimentó una profunda transformación con el Real Decreto sobre división territorial militar de 29 de agosto de 1893, en virtud del cual las antiguas capitanías generales pasaron a denominarse regiones militares. La tradicional organización territorial del Ejército de Tierra basada en unas demarcaciones llamadas regiones militares se inició con este Real Decreto de 1893 y perduró hasta el año 2002, aunque sometida a numerosos cambios.

Sin embargo, ello no supuso la desaparición del cargo de Capitán General, sino que, por el contrario, éste continuó siendo la principal autoridad de la región. La figura del Capitán General fue suprimida temporalmente durante el periodo de 1931 a 1940 y definitivamente en 2002. El Capitán General tenía su sede en la ciudad que era cabecera de la región militar, que por ello siguió recibiendo el nombre de Capitanía General. Las auditorías de guerra, vinculadas a las capitanías generales desde su origen en el siglo XVI, pasan ahora a integrarse en la planta de las nuevas regiones militares y tienen su sede junto al Capitán General, en la cabecera de la región militar correspondiente.

En 1893 la Sexta Región Militar queda integrada por las provincias de Álava, Guipúzcoa, Vizcaya, Navarra, Burgos, Santander y Logroño. La Capitanía General se encontraba en la ciudad de Burgos. Durante los años siguientes esta organización territorial se vio modificada en varias ocasiones. Así, por un Real Decreto de 2 de noviembre de 1904 la Sexta Región pasa a estar integrada por las provincias de Burgos, Álava, Guipúzcoa, Vizcaya, Santander, Palencia y Soria; por otro Real Decreto de 17 de enero de 1907 la provincia de Soria se desgaja de la Sexta Región y se integra la Quinta; finalmente, tras la Ley de Bases de 1918 la región queda constituida por las provincias de Navarra, Álava, Guipúzcoa, Vizcaya, Burgos, Logroño, Santander y Palencia.

El Código de Justicia Militar de 1890 dedica su Título III a las competencias judiciales de las autoridades militares, entre las que se incluyen los capitanes generales de distrito. Se dispone que en cada capitanía general de distrito habrá un auditor y demás funcionarios del Cuerpo Jurídico Militar que sean necesarios. El capitán general ejerce la jurisdicción de guerra sobre el territorio y las fuerzas de su mando y resuelve los asuntos de justicia previo dictamen de su auditor. Si no está de acuerdo con éste deberá elevar el asunto al Consejo Supremo de Guerra y Marina. Corresponde a los auditores emitir juicio en todos los casos de interpretación o aplicación de las leyes, proponer la resolución en cuantos procedimientos judiciales se instruyan y resolver cualquier otra incidencia suscitada dentro del ejército.

Durante la Segunda República el ámbito de la jurisdicción militar se limita a los delitos tipificados como esencialmente militares, según lo dispuesto en el artículo 95 de la Constitución de 1931: "La jurisdicción penal militar quedará limitada a los delitos militares, a los servicios de armas y a la disciplina de todos los institutos armados. No podrá establecerse fuero alguno por razón de las personas ni de los lugares. Se exceptúa el caso del estado de guerra, con arreglo a la ley de orden público". Mediante el Decreto de jurisdicción de los Tribunales de Guerra y Marina de 11 de mayo de 1931 el ámbito de la jurisdicción militar quedó reducido a los delitos y faltas tipificados como esencialmente militares.

Un Decreto de 2 de junio de 1931 establece que corresponden a los auditores de regiones, distritos y ejércitos las funciones que el Código de Justicia Militar atribuía a los Capitanes Generales. Esta situación se mantiene hasta el año 1935, cuando por la Ley de Reorganización de la Justicia Militar, las autoridades militares recuperan todas las competencias que tenían antes de 1931.

Por un Decreto de 16 de junio de 1931 se suprimen las ocho regiones militares, los dos distritos insulares de Baleares y Canarias y el cargo de Capitán General de Región. Las nuevas demarcaciones pasan a denominarse divisiones orgánicas, al frente de cada una de las cuales se sitúa a un general de división con competencias exclusivamente militares.

Iniciada la Guerra Civil, por un bando de la Junta de Defensa Nacional de 28 de julio de 1936, los militares sublevados declaran el estado de guerra y restablecen todas las funciones que el Código de Justicia Militar de 1890 atribuía a los tribunales militares, incluyendo la potestad para conocer del delito de rebelión, por el que son juzgados todos los que apoyan al bando republicano y se oponen al Alzamiento Nacional representado por ellos mismos.

El gobierno rebelde regula la jurisdicción de guerra a través de sucesivas normas. Por un Decreto de 25 de agosto de 1936 se atribuye la jurisdicción de guerra a los generales jefes de los ejércitos de operaciones, y por una Orden de 5 de noviembre de 1936 se crea la Auditoría de Guerra del Ejército de Ocupación. Las auditorías de guerra juzgan las causas por rebelión según las normas del procedimiento sumarísimo regulado en el título XIX del Código de Justicia Militar de 1890 (artículos 649 a 662).

Mediante una Orden del Ministerio de Defensa Nacional de 4 de julio de 1939 se reorganiza de nuevo la administración territorial del ejército. El territorio peninsular se divide en ocho regiones militares, al frente de cada una de las cuales se sitúa un Capitán General, del que dependen una auditoría de guerra y una fiscalía. La Sexta Región conserva las mismas provincias que tenía desde 1918: Burgos, Logroño, Navarra, Álava, Guipúzcoa, Vizcaya, Santander y Palencia.

Terminada la contienda, el estado de guerra se mantuvo hasta 1948. Durante los años de la posguerra la jurisdicción militar continuó juzgando las causas por rebelión contra los vencidos. Debido a la gran cantidad de causas que se acumulaban en las auditorías, por un Decreto de 8 de noviembre de 1939 se crearon diez auditorías. En la Sexta Región se crea la auditoría provisional de Bilbao, que tenía jurisdicción sobre las provincias de Vizcaya, Santander y Guipúzcoa, y que sería suprimida por un Decreto de 2 de marzo de 1943.