El origen de San Isidro se halla vinculado a los proyectos de fundación agrícolas surgida al amparo del Instituto Nacional de Colonización, durante los años 1950 en plena Dictadura franquista. El núcleo urbano se encontraba dentro del término municipal de Albatera, municipio del que siguió dependiendo durante las siguientes décadas con el nombre de San Isidro de Albatera. Finalmente, en 1993 se independizaba de Albatera, formando un nuevo municipio.