Con objeto de cumplimentar el Decreto de de Archivos 12 de noviembre de 1931, el Inspector General de Archivos encomendó a Santos Álvarez Molaguero, archivero de la Delegación de Hacienda, la recogida y organización de los fondos que habían de integrarlo. Laboriosas gestiones, de las cuales han quedado pocos rastros en la documentación conservada en el Archivo, dieron como resultado su instalación en el último piso del palacio de Anaya, cedido por la Universidad Literaria. Los gastos de instalación y transporte correrían a cargo del Ayuntamiento y la Diputación. En octubre de 1933 se procedió a la recogida de protocolos de la provincia y en junio de 1934 a la de los de la capital. Se extendieron las correspondientes actas, pero no se hizo constar el número de libros recibidos ni su inventario. Desde finales de marzo de 1937 a principios de 1938 estuvo todo el local ocupado por el Servicio de Prensa y Propaganda, quedando, al trasladarse este organismo las instalaciones del Archivo, en condiciones precarias. En diciembre de 1940 visitaron el Archivo el Ministro de Educación y las Autoridades locales. Se solicitaron mejoras y la posibilidad de dotar los locales con materiales ignífugos. Pero estas mejoras no se llevaron a cabo, y el 4 de enero de 1943 se declara un incendio en un desván inmediato al Archivo, donde se acumulaban montones de papeles que el Servicio Nacional de Prensa y Propaganda había dejado, y que afectó a la Sala de Lectura. En la Junta del Patronato se trató de la construcción de un palacio para el Archivo, Biblioteca y Museo, disponiendo de un terreno cedido por el Ayuntamiento y la Diputación. No se continuó con el proyecto, y ante la necesidad de expansión de la Facultad de Filosofía y Letras, a partir de 1947 comienzan las gestiones para dotar al Archivo de una sede más adecuada. En 1950, la Dirección General decidió el traslado al edificio del antiguo Instituto. En 1951 se comienza el traslado de los protocolos y en 1952 queda el Archivo definitivamente instalado en un "lugar húmedo, lóbrego y frío". Con la madera del antiguo Archivo de Hacienda se hacen estanterías, en 1960, para poder seguir acogiendo protocolos y los fondos de Hacienda antigua y Catastro del Marqués de la Ensenada. Pero las instalaciones continuaron siendo muy deficitarias, con problemas de cubiertas, saneamiento, calefacción, etc. Fue a partir del año 1969 cuando se acometieron obras de cierta envergadura con el tratamiento de humedades y la instalación de estanterías metálicas a dos niveles en las tres salas de depósito, así como en la mejora del mobiliario.En 1983 se procedió a instalar la electricidad en las tres salas de depósito y a mejorar y sanear el resto de instalaciones. En este local se irán depositando, según las normativas dictadas al efecto, los ya citados fondos de Hacienda (1962-1981), AISS y Estadísticas (1980) y protocolos notariales. A partir de 1982, y sin dejar de incrementarse las Secciones de Notariales y Hacienda, se recogen los fondos de la Administración Central Delegada, los propios de la Secretaría General del Movimiento y los de la Administración Autonómica. Para albergar toda esta enorme cantidad de documentación se tuvieron que acondicionar nuevos locales. Se comenzó en 1985 por alquilar parte del Monasterio de Santa Clara, procediéndose también al acondicionamiento de estas nuevas instalaciones, que ya en 1992 se encontraban completamente saturadas. En este mismo año, se trasladaron allí la Dirección y Administración del Centro, quedando los locales del antiguo Instituto en el Patio de Escuelas Menores, para atención y uso exclusivo del investigador, después de realizar en él obras de consolidación en muros y suelos que amenazaban hundimiento. Se inició la búsqueda de nuevos locales para ampliar depósitos y el Ministerio de Agricultura (Servicio del SENPA) cedería parte de la nave del silo situado en el barrio de Tejares. En 1993, el Ministerio de Cultura la acondicionó e instaló, pero quedó totalmente ocupada al año siguiente. Se trataba en todo caso de instalaciones precarias y, desde que en 1982 el Ministerio de Cultura había decidido la construcción de un nuevo edificio para Archivo, no cesaron las gestiones. Finalmente, todo ello llegó a buen término, con el inicio de su construcción en 1992 y su conclusión en 1995. A partir de diciembre de 1997 se comenzaba el traslado de los fondos documentales y servicios administrativos desde el Monasterio de Santa Clara a la nueva sede de la c/Las Mazas. En abril siguiente se trasladaron, también, los fondos históricos que se encontraban en el Patio de Escuelas Menores. Posteriormente, se han de trasladar los instalados en Tejares. El nuevo edificio comienza a prestar servicio público el 2 de enero de 1998, y desde el 27 de abril también al investigador. Por fin, el Archivo cuenta con un edificio propio, capaz y amplio, que marcará una nueva etapa en su historia.