En la Real Ordenanza de 18 de diciembre de 1701 se utiliza por primera vez el término consejo de guerra para referirse a los juicios llevados a cabo por los tribunales militares. Según dicha ordenanza podían ser de dos tipos: ordinarios y de oficiales generales. El primero se formaba para enjuiciar los delitos cometidos por sargentos, cabos, soldados, cadetes y tambores, mientras que el segundo conocía de los delitos cometidos por oficiales.

En las Ordenanzas militares de 22 de octubre de 1768 se regulan también los consejos de guerra, especificando que pueden ser de dos tipos: ordinarios y de oficiales generales. Las sentencias dictadas por los consejos de guerra tienen que ser aprobadas por el capitán general o comandante general correspondiente, previo dictamen de su auditor de guerra. En caso de no haber acuerdo entre ellos el asunto debía elevarse al Tribunal Especial de Guerra y Marina para su resolución.

La Ley de Organización y Atribuciones de los Tribunales Militares de 10 de marzo de 1884 y el Código de Justicia Militar de 1890 regulan los consejos de guerra, distinguiendo también entre consejos ordinarios y consejos de oficiales generales.

Según el Código de 1890 los consejos de guerra ordinarios pueden ser de dos tipos, de plaza o de cuerpo, ambos con la misma composición: un presidente con rango de coronel o teniente coronel, seis vocales con rango de capitán y un asesor perteneciente al Cuerpo Jurídico Militar.

Los consejos de guerra ordinarios de plaza conocen de dos tipos de causas:

1. Las causas por delitos cometidos por individuos de las clases de tropa, excepto las reservadas al conocimiento de los consejos de guerra de cuerpo.

2. Causas seguidas contras personas extrañas al Ejército cuyo enjuiciamiento corresponda a la jurisdicción de guerra, excepto los casos cuyo conocimiento recaiga en los consejos de guerra de oficiales generales o en el Consejo Supremo de Guerra y Marina.

Por su parte los consejos de guerra ordinarios de cuerpo conocen de las causas instruidas contra individuos de las clases de tropa que estén incorporados a un cuerpo, por delitos que no se refieran al servicio de plaza ni se ejecuten en participación con otros individuos no militares o no pertenecientes todos al propio cuerpo.

El Código de 1890 regula también las figuras de los fiscales, jueces instructores y defensores, todos ellos pertenecientes al Cuerpo Jurídico Militar, así como el procedimiento judicial. Los consejos de guerra serán públicos, excepto la deliberación y la votación, que se realizarán en sesión reservada. Acordada la sentencia por mayoría absoluta o por unanimidad, el juez instructor remitirá la causa a la autoridad judicial correspondiente, y ésta a su auditor para que emita su dictamen. Si no hubiese acuerdo entre ambos la causa se elevará al Consejo Supremo de Guerra y Marina para su resolución.

El Código de Justicia Militar de 1890 se aplicaba solamente al Ejército de Tierra, y posteriormente también al Ejército del Aire, desde su creación en 1939, mientras que la Marina se regía por sus propias leyes. Esta situación se modificó con el nuevo Código de Justicia Militar de 1945, que estableció una jurisdicción y unos tribunales comunes a todos los ejércitos.

En el Código de 1945 también se regulan los consejos de guerra, que son de dos tipos: ordinarios y de oficiales generales.

El consejo de guerra ordinario conoce de todas las causas atribuidas a la jurisdicción militar, excepto de las reservadas al consejo de guerra de oficiales generales o al Consejo Supremo de Justicia Militar. Se compone de un presidente con el rango de coronel o teniente coronel, o bien de capitán de navío o de fragata, tres vocales con el rango de capitán o teniente de navío y de un vocal ponente perteneciente al Cuerpo Jurídico Militar.

Por su parte, el consejo de guerra de oficiales generales se compone de un presidente y tres vocales, todos ellos con el rango de general, y de un vocal ponente perteneciente al Cuerpo Jurídico Militar.

Durante la guerra civil el gobierno rebelde regula la jurisdicción de guerra a través de sucesivas normas, aunque siempre sobre la base del Código de Justicia Militar. Hasta ese momento el consejo de guerra había sido un órgano de carácter temporal que se creaba para enjuiciar una causa determinada y que se disolvía una vez dictada la sentencia, pero ahora los militares sublevados crean los consejos de guerra permanentes.

Así, mediante el Decreto número 55 de 1 de noviembre de 1936 se dispone la creación de ocho consejos de guerra permanentes en la ciudad de Madrid y de dieciséis juzgados militares para instruir las causas; dichos consejos estarán constituidos por un presidente con la categoría de jefe del Ejército o de la Armada, tres vocales con la categoría de oficial y un asesor jurídico con voz y voto. El decreto también establece un procedimiento judicial abreviado al que deberán ajustarse los consejos de guerra, indicando que en todo lo demás observarán las normas del procedimiento sumarísimo regulado en el título XIX del Código de Justicia Militar de 1890 (artículos 649 a 662).

Por el Decreto número 191 de 26 de enero de 1937 las disposiciones del decreto anterior se extienden al resto de los territorios ocupados. Se dispone que los generales de los ejércitos de operaciones podrán solicitar la creación de los consejos de guerra que estimen necesarios, especificando el sector o localidad en el que ejercerán su jurisdicción. El personal integrante de estos nuevos consejos de guerra será designado por la Auditoría de Guerra del Ejército de Ocupación, que había sido creada por una Orden de 5 de noviembre de 1936.

Los decretos número 55 de 1 de noviembre de 1936 y número 191 de 26 de enero de 1937 fueron derogados por la ley de 12 de julio de 1940 por la que se restablece en todo su vigor el Código de Justicia Militar de 1890 con la redacción que tenía en 14 de abril de 1931, sin otras modificaciones que las introducidas por la Ley de 26 de julio de 1935. En ella se especifica que para la tramitación de las causas por delito de rebelión contra el Movimiento Nacional en lo sucesivo se seguirán solamente las normas del procedimiento sumarísimo establecidas en los artículos 649 y siguientes del código.

Durante la contienda y los años posteriores los consejos de guerra dirimen miles de procedimientos sumarísimos de urgencia para juzgar a los partidarios del bando republicano por el delito de rebelión. Se trata este de uno de los numerosos tipos penales de naturaleza no estrictamente militar cuyo conocimiento confiere a los tribunales de la jurisdicción militar el Código de justicia de 1890, y que ahora es utilizado por los militares sublevados para enjuiciar a todos los que se oponen al Alzamiento Nacional representado por ellos mismos. Debido a la gran cantidad de causas que se acumulaban se multiplican durante estos años los consejos de guerra, unos de carácter permanente y otros de carácter temporal.

En el artículo 49 del Código de Justicia Militar de 1890 se establece que el consejo de guerra ordinario se celebrará en la localidad donde se sigue la causa, pero que, de considerarlo necesario la autoridad judicial competente, podrá ordenar que se celebre en otro lugar situado dentro de su jurisdicción. Durante la guerra y los años siguientes se hará uso frecuente de esta disposición, de modo que los consejos de guerra con sede permanente en una ciudad se desplazarán a otras localidades cercanas para juzgar a los presos retenidos en las prisiones y depósitos en espera de juicio.

Desde sus orígenes la militar fue una jurisdicción especial que extendía su competencia, no solo al conocimiento de los asuntos judiciales que afectaban a las personas pertenecientes al fuero militar, sino también a otros muchos delitos no estrictamente militares. Aunque desde el siglo XIX los gobiernos liberales intentaron conseguir la unificación jurisdiccional mediante la supresión progresiva de las distintas jurisdicciones especiales, este proceso no se completó hasta la Transición Democrática iniciada en 1978. El Código de Justicia Militar de 1890 supuso, además, una extensión notable de la jurisdicción castrense, al atribuir a los tribunales militares el conocimiento de nuevos tipos de delitos. Normas posteriores ampliarían aún más las atribuciones de la jurisdicción militar, especialmente el Código de Justicia Militar de 1945, que mantiene la competencia de los tribunales militares determinada por razón del delito, del lugar y de la persona.

Al descender el número de procedimientos por el delito de rebelión, desde mediados de la década de 1940 los consejos de guerra se centraron más en otros tipos de delitos relacionados con el orden público y la seguridad del Estado. Sin embargo, la promulgación de la Ley 154/1963, de 2 de diciembre, sobre creación del Tribunal y Juzgados de Orden Público supuso una reducción notable de las atribuciones de los tribunales militares, pues una gran parte de los delitos enjuiciados hasta ese momento por los consejos de guerra pasaron a ser competencia del nuevo tribunal y sus juzgados.

Durante la Transición Democrática la jurisdicción de los tribunales militares quedó reducida al ámbito estrictamente castrense, conforme a lo dispuesto en el artículo 117.5 de la Constitución Española de 1978: "la ley regulará el ejercicio de la jurisdicción militar en el ámbito estrictamente castrense y en los supuestos de estado de sitio, de acuerdo con los principios de la Constitución".

La Ley Orgánica 6/1980, de 1 de julio, por la que se regulan los criterios básicos de la defensa nacional y la organización militar, dedica su Título VII a la jurisdicción militar. En el artículo 40 se dice que la ley regulará el ejercicio de la jurisdicción militar en el ámbito estrictamente castrense y en los supuestos de estado de sitio, bajo los principios de especialidad jurisdiccional, salvaguardando debidamente la unidad de poder judicial del Estado. La jurisdicción militar conocerá, juzgará y ejecutará lo juzgado en los procedimientos que en la misma se sigan, conforme a lo establecido en el Código de Justicia Militar. El Código de Justicia Militar de 1945 quedó derogado tras la promulgación del nuevo Código Penal Militar mediante la Ley Orgánica 13/1985, de 9 de diciembre, y de la Ley Orgánica 4/1987, de 15 de julio, de la competencia y organización de la jurisdicción militar.

La Ley Orgánica 6/1985 del Poder Judicial establece que la competencia de la jurisdicción militar se limita al ámbito estrictamente castrense respecto de los hechos tipificados como delitos militares por el Código Penal Militar y a los supuestos de estado de sitio, de acuerdo con la declaración de dicho estado y la Ley Orgánica que lo regula.

En último lugar, la Ley Orgánica 4/1987, de 15 de julio, de la competencia y organización de la jurisdicción militar establece que la competencia de la jurisdicción militar se circunscribe en tiempo de paz al ámbito estrictamente castrense, conociendo de las conductas tipificadas como delito en el Código Penal Militar y extendiendo su competencia a cualquier clase de delito en el supuesto de tropas desplazadas fuera del territorio nacional. Conocerá asimismo la jurisdicción militar de los delitos cometidos durante la vigencia del estado de sitio que se determinen en su declaración. Será el Congreso quien puede determinar los delitos que durante la vigencia del estado de sitio quedan sometidos a la jurisdicción militar. Además será competente para conocer de aquellos delitos y faltas que señalen los tratados, acuerdos o convenios internacionales en que España sea parte.

La misma ley fija también la nueva organización de la jurisdicción militar, que estará integrada por el Tribunal Militar Central, los Tribunales Militares Territoriales, los Juzgados Togados Militares Centrales y los Juzgados Togados Militares Territoriales.

Dichas instituciones fueron creadas por la ley 9/1988, de 21 de abril, de planta y organización territorial de la Jurisdicción Militar, que supuso la supresión de los antiguos órganos de justicia militar.