A partir de finales del siglo XVII, la Corona española empieza a aplicarse en la reforma institucional: el sistema polisinodial daría paso a un sistema de juntas.

Minería, Moneda y Comercio son conceptos intrínsecamente unidos, la fuerza de la Corona dependía de su unión y de su buen gobierno, una vez modernizado el sistema político-administrativo-judicial, que se hace por medio de Juntas con competencias exclusivas en las distintas materias, rentabilizando esfuerzos de personal, de burocracia, económicos y judiciales.

Comenzará la reforma con la creación primero de la Junta de Comercio con plenos poderes en materia de tráfico y comercio, con inhibición de cualquier autoridad ajena a ella.

A raíz de la conveniencia de aumentar el comercio en los reinos de España, Carlos II determinó poner un tema tan importante en manos de una Junta que mandó formar con esta finalidad y que debería integrarse por cuatro ministros de entre los consejeros de Castilla, Indias, Hacienda y Guerra; además de un regidor de Madrid, recogido por Real Decreto de 19 de enero de 1679. Dicha composición o génesis se encuentra recogida en la Real Cédula de 15 de Marzo de 1683, por medio de la cual Carlos II establece la "Jurisdicción de la Real Junta de Comercio con inhibición de los demás Tribunales". La Junta empezó a funcionar por consulta de 6 de Febrero de 1679.

Después, se crea la Junta de Moneda con jurisdicción privativa sobre sus negocios: Por Decreto de 8 de Septiembre de 1728, la Corona resolvió formar una Junta con competencia exclusiva en los negocios monetarios y para ello Felipe V creó la Junta de Moneda, pronunciándose en Madrid por Decreto de 15 de Noviembre de 1730 sobre el "Establecimiento de la Junta de Moneda con jurisdicción privativa en los negocios de ella".

La labor de Carlos II y la de Felipe V se aúnan en 1730, cuando Felipe V por Decreto de 9 de Diciembre de 1730, aborda la "Agregación de la Junta de Comercio a la de Moneda, con las facultades y jurisdicción privativa concedidas a aquella".

Comercio, Moneda y Minas se exigen y complementan mutuamente, por tanto, lógico es que en un momento dado lleguen a unir sus competencias, lo que se determinó por Decreto de 3 de Abril de 1747 de "Agregación de los negocios de Minas a la Junta General de Comercio y Moneda". Considerando Fernando VI que los asuntos de Minas de los diferentes metales que hay en estos Reinos son "muy propios y acomodados" al instituto de la Junta de Comercio y Moneda, resuelve encargar a esta Junta el conocimiento de todos los negocios respectivos a minas.

Realmente el camino fuerte empezó con Carlos II, cuando creó la Junta de Minas por R.O. en 1624, sin embargo, la verdadera reactivación de las explotaciones mineras llegó con los reinados de Fernando VI y Carlos III en el siglo XVIII.