El Hospital Real de San Andrés tiene sus inicios en 1552 cuando Francisco de Molina atendía en su casa en el Callejón de Santo Domingo a enfermos que carecían de recursos. El virrey Andrés Hurtado de Mendoza, Márques de Cañete le asignó algunas rentas comenzando la construcción por la edificación de las enfermerías. En honor de este virrey lleva el nombre de San Andrés.

El Hospital, y una iglesia contigua que llevaba el mismo nombre, fueron quemados y saqueados por el corsario Francis Drake en el año 1586. El centro sirvió como puesto de guardia y de cárceles.

Tras varios usos, en 1869 se creó la Casa de Beneficencia por el presbítero Francisco Javier Billini de quien hoy recibe el nombre.

La Casa de Beneficencia siguió funcionando después de la muerte de su fundador, regida por una Junta de Caridad.

En 1910 llegan las hermanas Mercedarias de la Caridad, a sugerencia de la Junta de Caridad, que se sentía incapaz de sostener debidamente el centro de salud.

Durante su primer año, sería superiora del grupo Sor Escolástica Josué Egea, a la que sucediera Sor Luisa Barrios o del Barrio (1911-1921).

Con la desaparición de la Junta de Caridad, el 17 agosto 1920, al cumplir cincuenta y un años, la Casa de Beneficencia se convertiría en el actual Hospital Padre Billini.