Fundado en 1934 por un grupo de intelectuales, eruditos, funcionarios, científicos y estudiosos que se reunieron en la Biblioteca de Menéndez Pelayo, de Santander, para crear el patronato generador del Centro de Estudios Montañeses, que fue una realidad ese mismo año.

Diseñó y tuteló un amplio conjunto de actividades relacionadas con la Historia, la cultura, el patrimonio y la arqueología. En estos primeros años está muy vinculada al Ayuntamiento de Santander y a la Diputación Provincial.

A partir de 1940, la periodicidad de sus sesiones de trabajo será semanal. Toda la actividad de estas se refleja en los libros de Actas de Actas del Centro de Estudios Montañeses, las cuales permiten ver nacer y evolucionar los proyectos y procesos relacionados con la cultura y el patrimonio.

Desempeñó un importante papel en desarrollos museográficos, entre los principales, el lanzamiento del Museo de Prehistoria, la decantación de un Museo Municipal con vocación decimonónica de gabinete multidisciplinar hacia las Bellas Artes, la creación del que finalmente sería el Museo Etnográfico de Cantabria, la del Museo del Mar, embrión del actual Museo Marítimo, la generación del Archivo Histórico Provincial, el estudio global de la heráldica y la arquitectura montañesa, la recopilación y realización de colecciones fotográficas sistemáticas sobre patrimonio, entre las que destaca el denominado "Archivo de Arte Montañés", etc.

El Centro de Estudios Montañeses es cronista oficial de la Región de Cantabria desde el 11 de Diciembre de 1934, por acuerdo de la Diputación Provincial de Santander, en la actualidad transformada en Gobierno de Cantabria. Además es miembro del Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC) desde el 6 de Mayo de 1946, integrándose en el extinguido Patronato José Mª Quadrado.

Es miembro decano y fundador de la Institución Cultural de Cantabria (1967-2012) y miembro fundador de la Confederación Española de Centros de Estudios Locales (CECEL), creada en 1981.

También es Institución Consultiva para la Historia y el Patrimonio de Cantabria por acuerdo del Consejo de Gobierno de la Diputación Regional de 29 de Agosto de 1990, siendo preceptivo solicitar su informe ante las incoaciones de "Bienes Inventariados", "Bienes de Interés Local" (BIL), "Bienes de Interés Cultural" (BIC), "Conjuntos Monumentales" y "Áreas de Protección" de dichos elementos patrimoniales.